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Offre de thèse - Écologie - Avignon

BioSP – Parc National des Ecrins : modélisation de données opportunistes pour le suivi des dynamiques spatio-temporelles de biodiversité dans les espaces naturels protégés

L’évaluation des dynamiques de biodiversité est devenue un enjeu majeur pour répondre aux objectifs des politiques publiques environnementales. L’atteinte d’objectifs quantitatifs, en particulier dans le cadre des documents de gestion des espaces naturels protégés, rend nécessaire l’élaboration d’indicateurs écologiques pouvant être suivis à long terme et sur de multiples échelles spatiales. Ces indicateurs ne peuvent cependant reposer uniquement sur des suivis protocolés dédiés, faute de moyens humains et financiers pour leur mise en oeuvre. Depuis une quinzaine d’années, les gestionnaires d’espaces naturels ont recours à des bases de données alimentées de manière opportuniste. Ces données non protocolées présentent l’avantage d’une couverture spatiale inégalable par des suivis protocolés, et d’une quasi-continuité temporelle. Cependant, les données opportunistes sont difficiles à exploiter, car fortement affectées par de multiples biais d’acquisition : effet observateur, hétérogénéité de couverture spatiale, temporelle et taxonomique, absence de réplication… Le Parc National des Ecrins est moteur dans le développement d’applications pour le suivi des occurrences d’espèces, la mise en place de systèmes d’information pour le stockage de ces données opportunistes et dans leur exploitation. Cependant, l’analyse fiable de telles données demande des développements afin de mettre en place des routines d’analyse robustes pour le suivi des dynamiques de biodiversité au sein du Parc (tendances temporelles, cartographies dynamiques, distribution d’espèces, assemblages de communautés).
Les progrès récents en modélisation bayésienne hiérarchique ont facilité l’implémentation d’analyses spatiales sophistiquées de processus environnementaux et écologiques. En particulier, les modèles apparentés aux processus ponctuels spatiaux ont montré leur utilité pour la modélisation des distributions d’espèces, à partir de données issues de processus d’observations complexes, où l’effort d’observation peut être variable. Toutefois, les approches spatio-temporelles et multi-espèces restent encore très rares dans ce cadre. L’objectif de ce projet est de proposer des extensions spatio-temporelles de tels modèles pour permettre d’identifier correctement deux dynamiques distinctes, dont l’une associée aux processus écologiques et l’autre à l’effort d’échantillonnage. Trois groupes taxonomiques différents seront étudiés : les oiseaux, les papillons et la malacofaune. Le choix de ces taxons permettra d’appréhender les analyses spatio-temporelles à trois échelles géographiques de dispersions bien distinctes, allant de l’échelle du paysage pour les oiseaux jusqu’à une échelle locale pour la malacofaune.

La thèse se déroulera à l’unité BioSP de l’INRAE d’Avignon avec des séjours réguliers au parc national des Ecrins à Gap. Elle sera encadrée par Thomas Optiz (thomas.optiz chez inrae.fr) et Julien Papaïx (julien.papaix chez inrae.fr) en collaboration avec Damien Combrisson (damien.combrisson chez ecrins-parcnational.fr) et Yoann Bunz (yoann.bunz chez ecrins-parcnational.fr).

Pour candidater merci d’envoyer un CV et une lettre de motivation avant le 04/07/2021.

publié le