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GIRAUDOUX Patrick

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Recherches

Mes recherches portent sur l’écologie de la faune sauvage et la santé des écosystèmes [1]. Elles visent à comprendre en quoi et à quelles échelles la structure spatiale des systèmes écologiques détermine la dynamique des populations de petits mammifères, de leurs prédateurs, de leurs pathogènes et des substances toxiques, et leurs impacts sur les socio-écosystèmes. Je m’intéresse aussi aux relations entre écologie et santé et aux conflits entre humanité et faune sauvage : rhinopithèques et éléphants d’Asie en Chine.

Elles explorent les conséquences des changements d’usage des terres : pratiques agricoles et pastorales, déforestation, reforestation, etc.. Elles s’insèrent dans le cadre conceptuel de l’écologie du paysage et de l’analyse multi-échelles des perturbations anthropogènes des écosystèmes régionaux, avec des implications en agriculture, santé et conservation.

Mes questions se situent à l’interface de plusieurs disciplines : écologie et sciences de la santé, écologie et sciences agronomiques, écologie et écotoxicologie, écologie et biologie de la conservation, etc.. Elles sont principalement fondées sur des études de terrain et mobilisent des réseaux de professionnels de l’agriculture, de la conservation et de la santé. Elles intègrent de manière systémique les méthodes de l’éco-épidémiologie et de l’écologie des populations pour comprendre, dans un cadre spatialement explicite, les interactions entre populations animales, les conflits entre humains et faune sauvage, et les mécanismes de transmission/transfert d’organismes pathogènes/substances toxiques in situ à différentes échelles spatiales et temporelles. Elles mettent l’accent sur le suivi à long terme à échelle régionale (> 10000 km2). Elles s’appuient sur la modélisation statistique, spatiale, la télédétection, les systèmes d’information géographique, et les méthodes de génétique moléculaire.

Mes terrains d’étude sont situés dans les montagnes d’Europe (Jura, Alpes), d’Asie centrale (plateaux du loess dans le sud du Ningxia et du Gansu, plateau tibétain, Tian Shan, Pamir, etc.), du sud-ouest de la Chine (Trois fleuves parallèles, Yunnan). J’ai été également impliqué dans des travaux collaboratifs sur les hauts-plateaux du nord du Mexique, en Indonésie (Sumatra, Bali) et en Afrique.

Curriculum professionnel

Positions :

  • Professeur d’écologie à l’Université de Franche-Comté depuis 1998, émérite depuis le 1er novembre 2019.

  • En délégation 50% au CNRS de 2017 à 2019



Maître de conférences à l’Université de Bourgogne de 1992 à 1998, professeur certifié de Sciences de la vie et de la terre en France (1980-1991) et au Niger (1977-1979).

Engagements (sélection) :
Fondateur et coordinateur du Groupement de recherche international CNRS-INEE "Ecosystem health and environmental disease ecology" 2013-2020 ; Co-fondateur et directeur de la Zone atelier Arc jurassien 2013-2016 ; Co-fondateur et directeur-adjoint de l’unité de recherche Chrono-environment (UMR UFC/CNRS 6249) 2008-2011 ; Directeur de l’unité de recherche "Biologie environnementale" EA3184 usc INRA 2004-2007 ; Directeur-adjoint 2000-2003 ; Cofondateur et directeur du Master "Écosystèmes, contaminants, santé" (ECoS) 2008-2014 ; cofondateur et directeur (2004-2008) du Master "Vie, terre, environnement, santé, société", cofondateur et directeur-adjoint (2000-2004) du Master "Environnement, santé et société - ESS" ; Membre fondateur et du comité de pilotage du Master d’Écologie des maladies infectieuses et évaluation du risque (ECOM-ALGER) de l’université de Kinshasa depuis 2014.

Sélection d’articles

Pour une liste complète, accèdez à researchID/WoS ou ResearchGate

Je suis signataire de l’article #ScientistsWarningtoHumanity https://doi.org/10.1093/biosci/bix125 & https://doi.org/10.1093/biosci/biz088

Tribunes et articles de presse

2022

Michelat, D., Giraudoux, P., 2022. Chasse aux oiseaux d’eau et “Paysage de la peur” dans un site Ramsar et Natura 2000, le bassin du Drugeon (Doubs, France). Nos Oiseaux 69/2 : 111-136.

Giraudoux P. 2022. La santé des écosystèmes : quelle définition ?. Bulletin de l’académie vétérinaire de France. eprint. 1-10 Available here

Giraudoux P. 2022. Ecosystem health : what is the definition ?. Bulletin de l’académie vétérinaire de France. eprint. 11-20 Available here

Giraudoux, P., 2022. One health and echinococcoses : something missing ? International Journal of Echinococcoses 1, 15–18. Available here

Giraudoux P (edt). 2022. Socioecosystems. Indiscipline as a requirement of the field. ISTE, Londres. Available here

Giraudoux P (edt). 2022. Socio-écosystèmes. L’indiscipline comme exigence du terrain. ISTE, Londres. Available here.

2021

Michelat, D., Giraudoux, P., 2021. Distribution of waterbirds along the Drugeon river, France. https://doi.org/10.5281/zenodo.4540002

Afonso E, Fu R, Dupaix A, Goydadin AC, Yu ZH, Callou C, Villette P, Giraudoux P, Li L 2021 Feeding sites promoting wildlife-related tourism might highly expose the endangered Yunnan snub-nosed monkey (Rhinopithecus bieti) to parasite transmission. Scientific Reports 11, 15817 Available here

Umhang G, Demerson JM, Legras L, Boucher JM, Peytavin de Garam C, Bastid V, Vannard E, Pinot A , Giraudoux P, Boué F. 2021. Rodent control programs can integrate Echinococcus multilocularis surveillance by facilitating parasite genotyping : the case of Arvicola terrestris voles screening in France. Veterinary Parasitology, Available here

Molia S, Saillard J, Dellagi K, Cliquet F, Bart JM, Rotureau B, Giraudoux P, Jannin J, Debré P, Solano P. 2021. Practices in research, surveillance and control of neglected tropical diseases by One Health approaches : A survey targeting scientists from French-speaking countries. PLOS NTD 15(3), e0009246. Available here

Zaatour W, Marilleau N, Giraudoux P, Martiny N, Ben Haj Amara A, Ben Miled S 2021. An agent-based model of a cutaneous leishmaniasis reservoir host, Meriones shawi. Ecological Modelling, 443 Available here.

Guo BP, Zhang ZZ, Guo YZ, Guo G, Wang HY, Ma5 JJ, Chen RG, Zheng XT, Bao JL, He L, Wang T, Qi WJ, Tian MX, Wang JW, Zhou CL, Giraudoux P, Marston CG, McManus DP, Zhang WB, Li J 2021 High endemicity of alveolar echinococcosis in Yili Prefecture, Xinjiang Autonomous Region, the People’s Republic of China : infection status in different ethnic communities and in small mammals. PLOS NTD Available here.

Afonso E, Fu R, Dupaix A, Goydadin AC, Yu ZH, Li DY, Giraudoux P, Li L 2021 Creating small food-habituated groups might alter genetic diversity in the endangered Yunnan snub-nosed monkey. Global ecology and conservation. Available here.

2020

Giraudoux P, Levret A, Afonso E, Coeurdassier M, Couval G 2020 Numerical response of predators to large variations of grassland vole abundance and long-term community change. Ecology and Evolution, epub Available here

Wang Q, Zhong B, Yu WJ, Zhang GJ, Budke C, Liao S, He W, Chen F, Xu KJ, Xie F, Dangba ZL, Wang Q, Yang L, Huang Y, Li RR, Yao RX, Giraudoux P, Craig PS 2020 Assessment of a 10-year dog deworming programme on the transmission of Echinococcus multilocularis in Tibetan communities, Sichuan Province, China. International Journal for Parasitology. Available here

Da Silva, A.M., Courquet, S., Raoul, F., Rieffel, D., Giraudoux, P., Millon, L., Knapp, J., 2020. Assessment of the exposure to Echinococcus multilocularis associated with carnivore faeces using real-time quantitative PCR and flotation technique assays. International Journal for Parasitology. Available here

Batumbo-Boloweti D, Giraudoux P, Deniel C, Garnier E, Mauny F, Mahinda-Kasereca C, Kisungu R, Muyembé JJ, Bompangue D, Bornette G 2020 Volcanic activity controls cholera outbreaks in the East African Rift. PLOS NTD Available here. See also CNRS news

Villette P, Afonso E, Couval G, Levret A, Galan M, Goydadin AC, Cosson JF, Giraudoux P 2020 Spatio-temporal trends in richness and persistence of bacterial communities in decline-phase water vole populations. Scientific Reports, 10, 9506 Available here

Nicod C, Couval G., Giraudoux P., Gillet F 2020 Vole disturbances and plant community diversity in a productive hay meadow. Acta Oecologica, 106. Available here until August 05, 2020.

Baudrot V, Fernandez-de-Simon J, Coeurdassier M, Couval G, Giraudoux P, Lambin X 2020 Trophic transfer of pesticides : the fine line between predator-prey regulation and pesticide-pest regulation. Journal of Applied Ecology. Available here.

Jacob J, Imholt C, Caminero-Saldaña C, Couval G, Giraudoux P, Herrero-Cófreces S, Horváth G, Luque-Larena JJ, Tkadlec E, Wymenga E 2020 Europe-wide outbreak of common voles in 2019. Journal of Pest Science, Available here.

Galanaud P, Galanaud A, Giraudoux P, Labesse H 2020. Mortality and demographic recovery in early post-Black Death epidemics : role of recent emigrants in medieval Dijon. PLoS One, 5(1) : e0226420 Available here

2019

Giraudoux P, Villette P, Quéré JP, Damange JP, Delattre P 2019 Weather influences M. arvalis reproduction but not population dynamics in a 17-year time series. Scientific Reports, Available here.

Giraudoux, P., 2019. Pour une médecine globale, préventive et écologique…/For a global, preventive and ecological medicine... Annales Africaines de Médecine 12 (4). Available here

Giraudoux P, Zhao YM, Afonso E, Yan HB, Knapp J, Rogan M, Shi DZ, Jia WZ, Craig PS 2019 Long-term retrospective assessment of a transmission hotspot for human alveolar echinococcosis in mid-west China. PLoS NTD, 13(8) : e0007701 Available here. See also CNRS news.

Craig PS, Giraudoux P, Wang ZH, Wang Q 2019. Echinococcosis transmission on the Tibetan Plateau. Advances in parasitology, 104 : 165-246 Available here.

Marston C, Giraudoux P 2019 On the synergistic use of optical and SAR time-series satellite data for small mammal disease host mapping. Remote Sensing 11(1), 39. Available here.

Zhang Y., Clauzel C, Li J, Xue YD, Zhang YG, Wu GS, Giraudoux P, Li L, Li DQ, 2019. Identifying refugia and corridors under climate change conditions for the Sichuan snub-nosed monkey (Rhinopithecus roxellana) in Hubei Province, China. Ecology and Evolution, 9 (4) : 1680-1690 Available here.

Fernandez-de-Simon J, Coeurdassier M, Couval G, Fourel I, Giraudoux P 2019 Do bromadiolone treatments to control grassland water voles (Arvicola scherman) affect small mustelid abundance ? Pest Management Science. 75 (4) : 900-907. Available here.

2018

Giraudoux P., Lebreton J.D. 2018 La notion de santé des écosystèmes, ou ‘Zombies écologiques : comment des idées mortes vivent encore parmi nous’. Regards et débats sur la biodiversité. Société française d’écologie et d’évolution. Available here

Marilleau N, Lang C, Giraudoux P. 2018 Coupling agent-based with equation-based models to study spatially explicit megapopulation dynamics. Ecological Modelling. 384 : 34-42. Available here.

Knapp J, Giraudoux P, Combes B, Umhang G, Boué F, Said-Ali Z, Aknouchea S, Garciaa C, Vacheyrou M, Laboissière A, Raton V, Comte S, Favier S, Demersone JM, Caillote C, Millon L, Raoul F 2018. Rural and urban distribution of wild and domestic carnivore stools in the context of Echinococcus multilocularis environmental exposure. International Journal for Parasitology. Available here.

Wang X, Liu JY, Zuo QQ, Mu ZQ, Weng XD, Sun XH, Wang JY, Boufana B, Craig PS, Giraudoux P, Raoul P, Wang ZH 2018 Echinococcus multilocularis and Echinococcus shiquicus in the small mammal community on the eastern Tibetan plateau : host species composition, molecular prevalence, and epidemiological implications. Parasite and Vectors. 11:302 Available here

Fu R, Li L, Yu ZH, Afonso E, Giraudoux P 2018. Spatial and temporal distribution of Yunnan snub-nosed monkey, Rhinopithecus bieti, indices. Mammalia. 83 (2) Available here and Science Discoveries presentation here

Destoumieux-Garzón D, Mavingui P, Boetch G, Boissier J, Darriet F, Duboz P, Fritsch C, Giraudoux P, Le Roux F, Morand S, Paillard C, Pontier D, Sueur C, Voituron Y 2018 The One Health concept : 10 years old and a long road ahead. Frontiers in Veterinary Sciences. Epub. See also...

Coeurdassier, M., Fritsch, C., Jacquot, M., Van Den Brink, N., Giraudoux, P., 2018. Spatial Dimensions of the Risks of Rodenticide Use to Non-target Small Mammals and Applications in Spatially Explicit Risk Modeling, in Anticoagulant Rodenticides and Wildlife. Springer.



Bourgogne Franche-Comté Nature

Un certain nombre de gestionnaires de bibliographie, dont Zotero, sont basés sur des fichiers de style de citation spécifiques de chaque format de journal (Citation style language, CSL). Les auteurs intéressés à publier dans Bourgogne Franche-Comté Nature peuvent procéder de deux manières :

  • Préférentiellement, télécharger la dernière version du fichier *.csl ici. Elle correspond à la dernière version préparée par Estelle Camizuli. Enregistrer sous... Ensuite, un double-clic sur le fichier déclenche normalement l’installation, ou sinon, depuis Zotero, Menu ’Édition’ > ’préférences’ > dans la boite de dialogue, cliquer sur le bouton ’+’ pour l’importer.
  • la version ’long terme’ du style est déposée sur le site officiel de Zotero https://www.zotero.org/styles d’où elle peut être téléchargée. Elle peut aussi bien être recherchée, téléchargée et installée depuis Zotero (Menu ’Édition’ > ’préférences’ > dans la boite de dialogue, en bleu, ’Obtenir d’autres styles...’. Rechercher le fichier sur n’importe quel mot de ’Bourgogne Franche-Comté Nature’.

Plus d’une cinquantaine d’autres gestionnaires utilisent le même format *.csl. Voir la liste ici : https://citationstyles.org


Comptages au phare

Importer ses POI ou waypoints dans un système de navigation sur smartphone : Les dénombrements sur route (ex. comptages nocturnes au phare, etc.) sont souvent effectués le long de segments de route dont les sommets sont géoréférencés, mais pour naviguer de la fin d’un segment au début de l’autre, il faut naviguer sur la route. Certains GPS peuvent facilement importer des waypoints mais ne permettent pas la navigation sur route, et ceux qui autorisent la navigation ne permettent généralement pas l’importation de waypoints (Waze, Mappy, ViaMichelin, etc.), excepté quelques sharewares. Vous trouverez dans le pdf ci-dessous une solution de contournement basée sur la combinaison de deux logiciels Google [2], My Maps et Maps, sur un smartphone.

Télécharger le pdf "Comptages sur route et navigation"


Caractère chinois dans QGIS et import/export de fichiers Excel ou txt avec des caractères chinois dans R

Download the pdf "Dealing with Chinese characters in R"

Principe d’un modèle à effet mixte

Comprendre sans formule ce qu’est un modèle à effet mixte. Ici il est expliqué par un exemple et sans formule, ce qu’est la notion d’effet aléatoire (random effect) et quelle est sa place dans un modèle linéaire à effet mixte (= modèle hierarchique = modèle multiniveau).

Random effect et modèle linéaire à effet mixte


Sustainable control of grassland small mammals


[1Ecohealth est un domaine de la science "engagé à promouvoir la santé humaine, animale et des écosystèmes, et à mener des recherches qui reconnaissent les liens inextricables entre la santé de toutes les espèces et leurs environnements. Un principe de base est que la santé et le bien-être ne peuvent être maintenus sur une planète aux ressources appauvries, polluée et socialement instable. C’est la raison pour laquelle les chercheurs en Ecohealth et les praticiens mettent en œuvre des approches systémiques et intégrées pour optimiser de façon durable les services écosystémiques liés au concept de santé (humaine, animale, des écosystèmes) et la stabilité sociale. Elles favorisent et promeuvent l’interdépendance, la coexistence et l’évolution des êtres vivants et leur environnement".

[2J’aurais préféré fournir une solution avec un système qui ne soit pas basé sur le trafic d’informations personnelles, mais je n’en ai pas encore trouvé un pertinent. Les précautions habituelles concernant l’utilisation des informations personnelles par GAFAM et entreprises similaires doivent être considérées.