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GIRAUDOUX Patrick

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Depuis une gare...

Site : La Bouloie (bureau -112M) Besançon

Recherches

Mes recherches portent sur l’écologie de la faune sauvage et la santé des écosystèmes [1]. Elles visent à comprendre en quoi et à quelles échelles la structure spatiale des systèmes écologiques détermine la dynamique des populations de petits mammifères, de leurs prédateurs, de leurs pathogènes et des substances toxiques, et leurs impacts sur les socio-écosystèmes. Elles s’élargissent depuis 2012 à d’autres types de conflits entre faune sauvage et humains : rhinopithèques et éléphants d’Asie en Chine.

Elles explorent les conséquences des changements d’usage des terres : pratiques agricoles et pastorales, déforestation, reforestation, etc.. Elles s’insèrent dans le cadre conceptuel de l’écologie du paysage et de l’analyse multi-échelles des perturbations anthropogènes des écosystèmes régionaux, avec des implications en agriculture, santé et conservation.

Mes questions se situent à l’interface de plusieurs disciplines : écologie et sciences de la santé, écologie et sciences agronomiques, écologie et écotoxicologie, écologie et biologie de la conservation, etc.. Elles sont principalement fondées sur des études de terrain et mobilisent des réseaux de professionnels de l’agriculture, de la conservation et de la santé. Elles intègrent de manière systémique les méthodes de l’éco-épidémiologie et de l’écologie des populations pour comprendre, dans un cadre spatialement explicite, les interactions entre populations animales, les conflits entre humains et faune sauvage, et les mécanismes de transmission/transfert d’organismes pathogènes/substances toxiques in situ à différentes échelles spatiales et temporelles. Elles mettent l’accent sur le suivi à long terme à échelle régionale (> 10000 km2). Elles s’appuient sur la modélisation statistique, spatiale, la télédétection, les systèmes d’information géographique, et les méthodes de génétique moléculaire.

Mes terrains d’étude sont situés dans les montagnes d’Europe (Jura, Alpes), d’Asie centrale (plateaux du loess dans le sud du Ningxia et du Gansu, plateau tibétain, Tian Shan, Pamir, etc.), du sud-ouest de la Chine (Trois fleuves parallèles, Yunnan). Je suis également impliqué dans des travaux collaboratifs sur les hauts-plateaux du nord du Mexique, en Indonésie (Sumatra, Bali) et en Afrique.

Curriculum professionnel

Positions :

  • Professeur d’écologie à l’Université de Franche-Comté depuis 1998, émérite à partir du 1er novembre 2019.
    (1ère cl. 2002, cl. ex.1 CNU 2010, cl. ex.2 CNU depuis 2015)

  • En délégation 50% au CNRS de 2017 à 2019



Maître de conférences à l’Université de Bourgogne de 1992 à 1998, professeur certifié de Sciences de la vie et de la terre en France (1980-1991) et au Niger (1977-1979).

Gouvernance :
Fondateur et coordinateur du Groupement de recherche international CNRS-INEE "Ecosystem health and environmental disease ecology", depuis 2013 ; Co-fondateur et directeur de la Zone atelier Arc jurassien 2013-2016 ; Co-fondateur et directeur-adjoint de l’unité de recherche Chrono-environment (UMR UFC/CNRS 6249) 2008-2011 ; Directeur de l’unité de recherche "Biologie environnementale" EA3184 usc INRA 2004-2007 ; Directeur-adjoint 2000-2003 ; Co-fondateur et directeur du Master "Ecosystemes, contaminants, santé" (ECoS) 2004-2014 ; cofondateur et directeur-adjoint du Master "Environnement, santé et société", 2000-2003 ; Membre du conseil du Centre collaborateur OMS pour la Prévention et le traitement des échinococcoses humaines depuis 1995 (année de sa création).

Enseignement :
Conception et réalisation de cours, TD, TP en biologie des populations, écologie des communautés, écologie du paysage, éco-épidémiologie, data mining et analyse de données, bio et géostatistiques et modélisation basés sur l’environnement R, GRASS-QGIS, etc. à tous les niveaux de la licence au doctorat.

Financement de recherche :
Principal Investigator or co-PI : from the European Union in 1998-2001, 1998, 1997, 1996-98, 1998-2001, 2001-2003 ; from the French-Chinese Programme of Advanced Research (Agency of the Ministry of Foreign Affairs) in 1995, 1997 ; from the Research agency of the Ministry of Environment in 1996-98, 1993-97 ; from the Regional Council of Franche-Comté and the Ministry of Environment (1992-1996, 1997-98, 2000-2006), from the US National Institutes of Health – Fogarty Institute (2001-2005, 2005-2008) ; from the French-Algerian programme TASSILI (2004-2007) ; from the Ministry of Agriculture and Fisheries since 2008. Partner of research programmes of the French Environment and Energy Management Agency (ADEME), the French National Research Agency (ANR) 2009-2013, the Japanese society for the promotion of science 2009-2013 ; 2011-2014, Co-App : Welcome Trust grant "Multi-species transmission of Echinococcus in Central Asia and on the Tibetan Plateau" ; 2014-2019 from a consortium including the FREDON/Ministry of Agriculture and the Region of Franche-Comté "Determinants of the decline phase of cyclic Arvicola terrestris populations". 2016, Yunnan Province supported programme about wild elephant - human conflicts ; 2018-2020, UTIQUE programme : MEGAPOP ‒ Spatial simulation of rodent mega-populations for assessing their impact in Tunisia and in France.

International consultancy :
in Algeria (ecology : Badji Mokhtar University, Annaba), 1989-1993 & 2003-2010 ;Japan (eco-epidemiology in Sichuan, China and in Bali, Indonesia : Asahikawa Medical College) and Indonesia (landscape ecology : CIRAD - SMART Research Institute) 2007-2015 ; in Mexico (landscape ecology : University of Guadalajara & Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada) 2008-2018 ; member of the Echinococcus expert group of the DISCONTOOLS project, FP7 EU, since 2011 ; 2011-2015 project CHOLTIC : "Cholera outbreaks at lake Tanganyika induced by climate change ?", Royal Museum of Central Africa, Belgium ; in Ningxia, China 2011-2013, "Does environmental changes drive the spatiotemporal transmission dynamics of Echinococcus spp.?" (grant APP1009539 of the Australian National Health and Medical Research Council). University of Kinshasa, Master ECOM-ALGER since 2013. External expert reviewer for IPBES since 2019.

Others :
Referee for Alauda, Acta Oecologica, Acta Theriologica, Acta tropica, Agriculture ecosystems & environment, Annals of Tropical Medecine and Parasitology, Biological letters, Biological Reviews, BMC Public Health, Chemosphere, Conservation Biology, Emerging infectious diseases, European Journal of Wildlife Research, Folia Primatologica, Folia Zoologica, Helminthologia, Integrative Zoology, International Journal for Parasitology, Journal of Mammalogy, Landscape Ecology, Mammalia, Parasite, Parasite & vectors, Parasitology, Pathogens and Global Health, Pest Management Science, PLoS NTD, PLoS One, PLOS Pathogens, Population Ecology, Transactions of the Royal Society for Tropical Medicine and Hygien, Trends in Parasitology, Revue d’écologie - Terre et Vie, Vector-Borne and Zoonotic Diseases, Zoonoses and Public Health, etc. ; Editorial board of Parasite and Zoological research

Articles

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Je suis signataire de l’article #ScientistsWarningtoHumanity https://doi.org/10.1093/biosci/bix125

Sélection d’articles des trois dernières années

2019

Giraudoux P, Zhao YM, Afonso E, Yan HB, Knapp J, Rogan M, Shi DZ, Jia WZ, Craig PS 2019 Long-term retrospective assessment of a transmission hotspot for human alveolar echinococcosis in mid-west China. PLoS NTD, in press.

Craig PS, Giraudoux P, Wang ZH, Wang Q 2019. Echinococcosis transmission on the Tibetan Plateau. Advances in parasitology, Epub ahead of print.

Marston C, Giraudoux P 2019 On the synergistic use of optical and SAR time-series satellite data for small mammal disease host mapping. Remote Sensing 11(1), 39. Available here.

Zhang Y., Clauzel C, Li J, Xue YD, Zhang YG, Wu GS, Giraudoux P, Li L, Li DQ, 2019. Identifying refugia and corridors under climate change conditions for the Sichuan snub-nosed monkey (Rhinopithecus roxellana) in Hubei Province, China. Ecology and Evolution, 9 (4) : 1680-1690 Available here.

Fernandez-de-Simon J, Coeurdassier M, Couval G, Fourel I, Giraudoux P 2019 Do bromadiolone treatments to control grassland water voles (Arvicola scherman) affect small mustelid abundance ? Pest Management Science. 75 (4) : 900-907. Available here.

2018

Giraudoux P., Lebreton J.D. 2018 La notion de santé des écosystèmes, ou ‘Zombies écologiques : comment des idées mortes vivent encore parmi nous’. Regards et débats sur la biodiversité. Société française d’écologie et d’évolution. Available here

Marilleau N, Lang C, Giraudoux P. 2018 Coupling agent-based with equation-based models to study spatially explicit megapopulation dynamics. Ecological Modelling. 384 : 34-42. Available here.

Knapp J, Giraudoux P, Combes B, Umhang G, Boué F, Said-Ali Z, Aknouchea S, Garciaa C, Vacheyrou M, Laboissière A, Raton V, Comte S, Favier S, Demersone JM, Caillote C, Millon L, Raoul F 2018. Rural and urban distribution of wild and domestic carnivore stools in the context of Echinococcus multilocularis environmental exposure. International Journal for Parasitology. Available here.

Wang X, Liu JY, Zuo QQ, Mu ZQ, Weng XD, Sun XH, Wang JY, Boufana B, Craig PS, Giraudoux P, Raoul P, Wang ZH 2018 Echinococcus multilocularis and Echinococcus shiquicus in the small mammal community on the eastern Tibetan plateau : host species composition, molecular prevalence, and epidemiological implications. Parasite and Vectors. 11:302 Available here

Fu R, Li L, Yu ZH, Afonso E, Giraudoux P 2018. Spatial and temporal distribution of Yunnan snub-nosed monkey, Rhinopithecus bieti, indices. Mammalia. 83 (2) Available here and Science Discoveries presentation here

Destoumieux-Garzón D, Mavingui P, Boetch G, Boissier J, Darriet F, Duboz P, Fritsch C, Giraudoux P, Le Roux F, Morand S, Paillard C, Pontier D, Sueur C, Voituron Y 2018 The One Health concept : 10 years old and a long road ahead. Frontiers in Veterinary Sciences. Epub. See also...

Coeurdassier, M., Fritsch, C., Jacquot, M., Van Den Brink, N., Giraudoux, P., 2018. Spatial Dimensions of the Risks of Rodenticide Use to Non-target Small Mammals and Applications in Spatially Explicit Risk Modeling, in Anticoagulant Rodenticides and Wildlife. Springer.

2017

Vuitton, D., Zhang, W. and Giraudoux, P. 2017. Echinococcus spp. In : J.B. Rose and B. Jiménez-Cisneros, (eds) Global Water Pathogens Project. http://www.waterpathogens.org (Robertson, L (eds) Part 4 Helminths) http://www.waterpathogens.org/book/echinococcus Michigan State University, E. Lansing, MI, UNESCO.

Comte S, Umhang G, Raton V, Raoul F, Giraudoux P, Combes B, Boué F 2017. Echinococcus multilocularis management by fox culling : an inappropriate paradigm. Preventive Veterinary Medicine. 147:178-185.

Fritsch, C., Coeurdassier, M., Giraudoux, P., Raoul, F., Scheifler, R., 2017. Vertébrés terrestres et écotoxicologie du paysage. in Ecotoxicologie, des communautés au fonctionnement des écosystèmes. ISTE Editions , Paris.

Villette P, Afonso E, Couval G, Levret A, Galan G, Tatard C, Cosson JF, Giraudoux P 2017 Consequences of organ choice in describing bacterial assemblages in a rodent population. Epidemiology and Infection. 145 (14) : 3070-3075.

Bessou, C., Verwilghen, A., Beaudoin-Ollivier, L., Marichal, R., Ollivier, J., Baron, V., Bonneau, X., Carron, M.-P., Snoeck, D., Naim, M., Ketuk Aryawan, A.A., Raoul, F., Giraudoux, P., Surya, E., Sihombing, E., Caliman, J.-P., 2017. Agroecological practices in oil palm plantations : examples from the field. OCL Epub available here.

Li WW, Clauzel C, Dai YC, Wu GS, Giraudoux P, Li L 2017 Improving landscape connectivity for the Yunnan snub-nosed monkey through cropland reforestation using graph theory. Journal for Nature Conservation. 38, 46–55. Available here.

Wu, C., Zhang, W., Ran, B., Fan, H., Wang, H., Guo, B., Zhou, C., Shao, Y., Zhang, W., Giraudoux, P., Knapp, J., Wen, H., Kuang, L., Li, J., 2017. Genetic variation of mitochondrial genes among Echinococcus multilocularis isolates collected in western China. Parasites & Vectors 10, 265. Available here.

Giraudoux P, Couval G, Levret A, Mougin D, Delavelle A 2017 Suivi à long terme d’une zone de pullulation cyclique de campagnols terrestres : le contrôle raisonné des populations est possible ! Fourrages, 230 : 169-176.

Giraudoux P. Couval G, Coeurdassier M, Villette P 2017 Agriculture et campagnols : quels impacts sur les écosystèmes franguignons ? Bourgogne-Nature, 25 : 253-261.

Shenbrot G, Bannikova A, Giraudoux P, Quéré JP, Raoul F, Lebedev V. 2017 A new recent genus and species of three-toed jerboas (Rodentia : Dipodinae) from China : Alive fossil ? Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. 55 (4) : 356–368.

Romig T, Deplazes P, Jenkins D, Giraudoux P, Massolo A, Craig PS, Wassermann M, Takahashi K, de la Rue M 2017 Ecology and Life Cycle Patterns of Echinococcus Species, Advances in Parasitology. Academic Press. Available on line.

Afonso E, Goydadin AC, Giraudoux P, Farny G 2017 Investigating hybridization between the two sibling bat species Myotis myotis and M. blythii from guano in a natural mixed maternity colony. PLOS One. 2017 Feb 15 ;12(2):e0170534. Available here.

Prat-Mairet Y, Fourel I, Barrat J, Sage M, Giraudoux P, Coeurdassier M 2017. Non-invasive monitoring of Red fox exposure to rodenticides from scats. Ecological Indicators, 72 : 777–783. Available here

2016

Frossard, V., Verneaux, V., Giraudoux, P., 2016. Quantitative assessment of the reliability of chironomid remains in paleoecology : effects of count density and sample size. Journal of Paleolimnology, 1-8. Epub, ahead of print.

Umhang G, Comte S, Hormaz V, Boucher JM, Raton V, Favier S, Raoul F, Giraudoux P, Combes B, Boué F 2016 Retrospective analyses of fox feces by real-time PCR to identify new endemic areas of Echinococcus multilocularis in France. Parasitology Research, 115,(11) : 4437-4441.

Swastika K, Dharmawan NS, Suardita IK, Kepeng IN, Wandra T, Sako Y, Okamoto M, Yanagida T, Sasaki M, Giraudoux P, Nakao M. Yoshida T, Eka Diarthini LP, Sudarmaja IM, Purba IE, Budke CM, Ito A, 2016. Swine cysticercosis in the Karangasem district of Bali, Indonesia : an evaluation of serological screening methods. Acta Tropica, 163 : 46–53

Afonso E, Tournant P, Foltete JC, Giraudoux P, Baurand PM, Roue S, Canella V, Vey D, Scheifler R 2016 Is the lesser horseshoe bat (Rhinolophus hipposideros) exposed to causes that may have contributed to its decline ? A non-invasive approach. Global Ecology and Conservation. 8 : 123–137. Available here.

Foltête JC, Couval G, Fontanier M, Vuidel G, Giraudoux P 2016 A graph-based approach to support agro-ecological systems against water vole outbreaks. Ecological Indicators, 71 : 87–98. Available here.

Wang, Q., Yu, W.-J., Zhong, B., Shang, J.-Y., Huang, L., Mastin, A., Renqingpengcuo, Huang, Y., Zhang, G.-J., He, W., Giraudoux, P., Wu, W.-P., Craig, P.S., 2016. Seasonal pattern of Echinococcus re-infection in owned dogs in Tibetan communities of Sichuan, China and its implications for control. Infectious Diseases of Poverty 5, 1-8.
Available here

Baudrot V, Perasso A, Fritsch C, Giraudoux P, Raoul F 2016 The adaptation of generalist predators’ diet in a multi-prey context : insights from new functional responses. Ecology, 97 : 1832–1841. Available here

Marston C.G., Giraudoux P., Danson F.M., Armitage R.P., Reynolds S.C., Wang Q. Qiu J., Craig P.S. 2016 Vegetation phenology and habitat discrimination : impacts for E.multilocularis transmission host modelling. Remote Sensing of Environment. 176 (2016) 320–327. Available here.

Cadavid Restrepo A.M., Yang Y.R., McManus D.P., Gray D.J., Giraudoux P., Barnes T.S., Williams G.M., Soares Magalhães R.J., Hamm N.A.S., Clements A.C.A. 2016 The Landscape Epidemiology of Echinococcoses. Infectious disease of powerty. 5 (1), pp.13. Available here

Mellink E, Riojas-Lopez M, Giraudoux P 2016 A Neglected Opportunity for Bird Conservation : the Value of a Perennial, Semiarid Agroecosystem in the Llanos de Ojuelos, Central Mexico. Journal of Arid Environments, 124 : 1-9. Available here.




Importer ses POI ou waypoints dans un système de navigation sur smartphone : Les dénombrements sur route (ex. comptages nocturnes au phare, etc.) sont souvent effectués le long de segments de route dont les sommets sont géoréférencés, mais pour naviguer de la fin d’un segment au début de l’autre, il faut naviguer sur la route. Certains GPS peuvent facilement importer des waypoints mais ne permettent pas la navigation sur route, et ceux qui autorisent la navigation ne permettent généralement pas l’importation de waypoints (Waze, Mappy, ViaMichelin, etc.), excepté quelques sharewares. Vous trouverez dans le pdf ci-dessous une solution de contournement basée sur la combinaison de deux logiciels Google [2], My Maps et Maps, sur un smartphone.

Télécharger le pdf "Comptages sur route et navigation"


Caractère chinois dans QGIS et import/export de fichiers Excel ou txt avec des caractères chinois dans R

Download the pdf "Dealing with Chinese characters in R"


Sustainable control of grassland small mammals


Candidature à un stage professionnel de formation par la recherche

Les candidatures (à partir du niveau licence), seront évaluées sur les critères suivants, à justifier dans la demande de stage :


Savoirs, savoir-faire :
- Connaissances spécifiques prouvées en écologie scientifique : notes de l’année en cours, notes et mentions des années antérieures, engagements personnels hors université (ex. : associatif, jobs, etc.), connaissance particulière d’une groupe taxonomique, d’un écosystème,...
- qualité du projet professionnel justifiant la demande de formation
- compétences et motivations en écologie numérique (R) et SIG (QGIS) proportionnées au niveau d’études acquis ou en cours d’acquisition (unité de biostats de L3 en L3, unités d’analyse des données en M1, etc…) et au sujet de stage
- maitrise de l’anglais lu et écrit (maîtrise de l’anglais oral appréciée)
- capacité rédactionnelle et à réaliser une bibliographie internationale

Savoir-être
- motivation, dynamisme, enthousiasme et force de proposition
- rigueur, persévérance, autonomie
- anticipation, rigueur dans la gestion du temps
- ouverture d’esprit, qualités relationnelles
- aptitude pour le travail en équipe et sur le terrain, ponctualité, respect des autres et de leur temps
- curiosité scientifique et technique, capacité à évoluer et se former


[1Ecohealth est un domaine de la science "engagé à promouvoir la santé humaine, animale et des écosystèmes, et à mener des recherches qui reconnaissent les liens inextricables entre la santé de toutes les espèces et leurs environnements. Un principe de base est que la santé et le bien-être ne peuvent être maintenus sur une planète aux ressources appauvries, polluée et socialement instable. C’est la raison pour laquelle les chercheurs en Ecohealth et les praticiens mettent en œuvre des approches systémiques et intégrées pour optimiser de façon durable les services écosystémiques liés au concept de santé (humaine, animale, des écosystèmes) et la stabilité sociale. Elles favorisent et promeuvent l’interdépendance, la coexistence et l’évolution des êtres vivants et leur environnement".

[2J’aurais préféré fournir une solution avec un système qui ne soit pas basé sur le trafic d’informations personnelles, mais je n’en ai pas encore trouvé un pertinent. Les précautions habituelles concernant l’utilisation des informations personnelles par GAFAM et entreprises similaires doivent être considérées.