Recherches

Mes recherches portent sur l’écologie de la faune sauvage et la santé des écosystèmes [1]. Elles visent à comprendre en quoi et à quelles échelles la structure spatiale des systèmes écologiques détermine la dynamique des populations de petits mammifères, de leurs prédateurs, de leurs pathogènes et des substances toxiques, et leurs impacts sur les socio-écosystèmes. Je m’intéresse aussi aux relations entre écologie et santé et aux conflits entre humanité et faune sauvage : rhinopithèques et éléphants d’Asie en Chine.

Elles explorent les conséquences des changements d’usage des terres : pratiques agricoles et pastorales, déforestation, reforestation, etc.. Elles s’insèrent dans le cadre conceptuel de l’écologie du paysage et de l’analyse multi-échelles des perturbations anthropogènes des écosystèmes régionaux, avec des implications en agriculture, santé et conservation.

Mes questions se situent à l’interface de plusieurs disciplines : écologie et sciences de la santé, écologie et sciences agronomiques, écologie et écotoxicologie, écologie et biologie de la conservation, etc.. Elles sont principalement fondées sur des études de terrain et mobilisent des réseaux de professionnels de l’agriculture, de la conservation et de la santé. Elles intègrent de manière systémique les méthodes de l’éco-épidémiologie et de l’écologie des populations pour comprendre, dans un cadre spatialement explicite, les interactions entre populations animales, les conflits entre humains et faune sauvage, et les mécanismes de transmission/transfert d’organismes pathogènes/substances toxiques in situ à différentes échelles spatiales et temporelles. Elles mettent l’accent sur le suivi à long terme à échelle régionale (> 10000 km²). Elles s’appuient sur la modélisation statistique, spatiale, la télédétection, les systèmes d’information géographique, et les méthodes de génétique moléculaire.

Mes terrains d’étude sont situés dans les montagnes d’Europe (Jura, Alpes), d’Asie centrale (plateaux du loess dans le sud du Ningxia et du Gansu, plateau tibétain, Tian Shan, Pamir, etc.), du sud-ouest de la Chine (Trois fleuves parallèles, Yunnan). J’ai été également impliqué dans des travaux collaboratifs sur les hauts-plateaux du nord du Mexique, en Indonésie (Sumatra, Bali) et en Afrique.

Curriculum professionnel

Positions :

• Professeur d’écologie à l’Université de Franche-Comté depuis 1998, émérite depuis le 1^er novembre 2019.
  
  

• Membre honoraire de l’Institut Universitaire de France (membre senior 2012-2017).
  
  
  
  

• Professeur distingué de l’Université des Finances et de l’Économie du Yunnan, Chine ; fondateur et directeur étranger du laboratoire de gestion de la faune sauvage et santé des écosystèmes (2012-2023).
  
  

• En délégation 50% au CNRS de 2017 à 2019.
  
  
  
  

Maître de conférences à l’Université de Bourgogne de 1992 à 1998, professeur certifié de Sciences de la vie et de la terre en France (1980-1991) et au Niger (1977-1979).

Engagements (sélection) :
Fondateur et coordinateur du Groupement de recherche international CNRS-INEE "Ecosystem health and environmental disease ecology" 2013-2020 ; Co-fondateur et directeur de la Zone atelier Arc jurassien 2013-2016 ; Co-fondateur et directeur-adjoint de l’unité de recherche Chrono-environment (UMR UFC/CNRS 6249) 2008-2011 ; Directeur de l’unité de recherche "Biologie environnementale" EA3184 usc INRA 2004-2007 ; Directeur-adjoint 2000-2003 ; Cofondateur et directeur du Master "Écosystèmes, contaminants, santé" (ECoS) 2008-2014 ; cofondateur et directeur (2004-2008) du Master "Vie, terre, environnement, santé, société", cofondateur et directeur-adjoint (2000-2004) du Master "Environnement, santé et société - ESS" ; Membre fondateur et du comité de pilotage du Master d’Écologie des maladies infectieuses et évaluation du risque (ECOM-ALGER) de l’université de Kinshasa depuis 2014.

• Auteur principal pour l’évaluation "Nexus" : interrelations entre biodiversité, eau, alimentation et santé, 2022-2024.
  
  
  
  
• Membre du Comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires (CoVARS)
  
  
  
  
  
  
• Membre de l’Académie Vétérinaire de France
  
  
  
  

Comité de rédaction d’Alauda, Bourgogne Franche-Comté Nature, Parasite, Scientific Reports.

Sélection d’articles récents

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Je suis signataire de l’article #ScientistsWarningtoHumanity https://doi.org/10.1093/biosci/bix125 & https://doi.org/10.1093/biosci/biz088

Tribunes et articles de presse

• The conversation, 2 juillet 2022 Faire du tourisme vert, nourrir les animaux : quels risques pour notre santé… et la leur ?
• Mu’ethik, 28 juin 2022 Les interactions des espèces sauvages dans les écosystèmes : la science comme tribune
• The Conversation, 21 juin 2022 Les échinococcoses, des maladies parasitaires en expansion
• Libération, 3 sept. 2021 Les micro-organismes auront toujours une mutation d’avance sur les autres

Articles

2023

Michelat, D., Dupuis, O., Vaniscotte, A., Giraudoux, P., 2023. Quarante ans d’évolution du peuplement d’oiseaux nicheurs dans le bassin du Drugeon, Franche-Comté, France. Alauda, 91 (2):1-80.

Gauthier-Manuel, H., Bernard, N., Boilleaut, M., Giraudoux, P., Pujol, S., Mauny, F., 2023. Spatialized temporal dynamics of daily ozone concentrations : Identification of the main spatial differences. Environment International 173, 107859. Available here

Guégan, J.-F., Giraudoux, P., 2023. Aiôn et Khronos dans la tourmente de la crise pandémique à COVID-19, in : Bertrand, A., Giraudoux, P., Macé, A. (Eds.), Les temps des pandémies. Belin, Paris, pp. 51–74. Available here

Bertrand A, Giraudoux P. Mace A (Edts) 2023. Les temps des pandémies. Belin. 230 p Available here

Marston C, Rowland C, O’Neil A, Irish S, Wat’senga F, Martín-Gallego P, Aplin P, Giraudoux P, Strode C 2023 Developing the Role of Earth Observation in Spatio-Temporal Mosquito Modelling to Identify Malaria Hot-spots. Remote Sensing. Available here

Brun A, Greusard M, Reynes JM, Grenier M, Boumalid J, Giraudoux P. Chirouze C, Bouiller K, Bailly B. 2023 Health consequences of an outbreak of hemorrhagic fever with renal syndrome epidemic in the southern Jura Mountains in 2021. Infectious Diseases Now. Available here

2022

Riojas-López ME, Mellink E., Giraudoux P. 2022 Drivers of bird and rodent assemblage composition in rangelands of southern Mexican Plateau. Journal of Rangeland Management. Available here.

Giraudoux P, Besombes C, Bompangue D, Guégan JF, Mauny F, Morand S. 2022. One Health or "One Health washing" : an alternative more than ever to overcome. CABI One Health. Available here.

Michelat, D., Giraudoux, P., 2022. Chasse aux oiseaux d’eau et “Paysage de la peur” dans un site Ramsar et Natura 2000, le bassin du Drugeon (Doubs, France). Nos Oiseaux 69/2 : 111-136.

Giraudoux P. 2022. La santé des écosystèmes : quelle définition ?. Bulletin de l’académie vétérinaire de France. eprint. 1-10 Available here

Giraudoux P. 2022. Ecosystem health : what is the definition ?. Bulletin de l’académie vétérinaire de France. eprint. 11-20 Available here

Giraudoux, P., 2022. One health and echinococcoses : something missing ? International Journal of Echinococcoses 1, 15–18. Available here

Giraudoux, P., 2022. Pics épidémiques de fièvre hémoragique à syndrome rénal et stabilité historique des foyers  : les connaissances écologiques sont encore insuffisantes pour les comprendre. Bourgogne Franche-Comté Nature 34, 131–142. Available here

Giraudoux P (edt). 2022. Socioecosystems. Indiscipline as a requirement of the field. ISTE, Londres. Available here

Giraudoux P (edt). 2022. Socio-écosystèmes. L’indiscipline comme exigence du terrain. ISTE, Londres. Available here.

2021

Afonso E, Fu R, Dupaix A, Goydadin AC, Yu ZH, Callou C, Villette P, Giraudoux P, Li L 2021 Feeding sites promoting wildlife-related tourism might highly expose the endangered Yunnan snub-nosed monkey (Rhinopithecus bieti) to parasite transmission. Scientific Reports 11, 15817 Available here

Umhang G, Demerson JM, Legras L, Boucher JM, Peytavin de Garam C, Bastid V, Vannard E, Pinot A , Giraudoux P, Boué F. 2021. Rodent control programs can integrate Echinococcus multilocularis surveillance by facilitating parasite genotyping : the case of Arvicola terrestris voles screening in France. Veterinary Parasitology, Available here

Molia S, Saillard J, Dellagi K, Cliquet F, Bart JM, Rotureau B, Giraudoux P, Jannin J, Debré P, Solano P. 2021. Practices in research, surveillance and control of neglected tropical diseases by One Health approaches : A survey targeting scientists from French-speaking countries. PLOS NTD 15(3), e0009246. Available here

Zaatour W, Marilleau N, Giraudoux P, Martiny N, Ben Haj Amara A, Ben Miled S 2021. An agent-based model of a cutaneous leishmaniasis reservoir host, Meriones shawi. Ecological Modelling, 443 Available here.

Guo BP, Zhang ZZ, Guo YZ, Guo G, Wang HY, Ma5 JJ, Chen RG, Zheng XT, Bao JL, He L, Wang T, Qi WJ, Tian MX, Wang JW, Zhou CL, Giraudoux P, Marston CG, McManus DP, Zhang WB, Li J 2021 High endemicity of alveolar echinococcosis in Yili Prefecture, Xinjiang Autonomous Region, the People’s Republic of China : infection status in different ethnic communities and in small mammals. PLOS NTD Available here.

Afonso E, Fu R, Dupaix A, Goydadin AC, Yu ZH, Li DY, Giraudoux P, Li L 2021 Creating small food-habituated groups might alter genetic diversity in the endangered Yunnan snub-nosed monkey. Global ecology and conservation. Available here.

2020

Giraudoux P, Levret A, Afonso E, Coeurdassier M, Couval G 2020 Numerical response of predators to large variations of grassland vole abundance and long-term community change. Ecology and Evolution, epub Available here

Wang Q, Zhong B, Yu WJ, Zhang GJ, Budke C, Liao S, He W, Chen F, Xu KJ, Xie F, Dangba ZL, Wang Q, Yang L, Huang Y, Li RR, Yao RX, Giraudoux P, Craig PS 2020 Assessment of a 10-year dog deworming programme on the transmission of Echinococcus multilocularis in Tibetan communities, Sichuan Province, China. International Journal for Parasitology. Available here

Da Silva, A.M., Courquet, S., Raoul, F., Rieffel, D., Giraudoux, P., Millon, L., Knapp, J., 2020. Assessment of the exposure to Echinococcus multilocularis associated with carnivore faeces using real-time quantitative PCR and flotation technique assays. International Journal for Parasitology. Available here

Batumbo-Boloweti D, Giraudoux P, Deniel C, Garnier E, Mauny F, Mahinda-Kasereca C, Kisungu R, Muyembé JJ, Bompangue D, Bornette G 2020 Volcanic activity controls cholera outbreaks in the East African Rift. PLOS NTD Available here. See also CNRS news

Villette P, Afonso E, Couval G, Levret A, Galan M, Goydadin AC, Cosson JF, Giraudoux P 2020 Spatio-temporal trends in richness and persistence of bacterial communities in decline-phase water vole populations. Scientific Reports, 10, 9506 Available here

Nicod C, Couval G., Giraudoux P., Gillet F 2020 Vole disturbances and plant community diversity in a productive hay meadow. Acta Oecologica, 106. Available here until August 05, 2020.

Baudrot V, Fernandez-de-Simon J, Coeurdassier M, Couval G, Giraudoux P, Lambin X 2020 Trophic transfer of pesticides : the fine line between predator-prey regulation and pesticide-pest regulation. Journal of Applied Ecology. Available here.

Jacob J, Imholt C, Caminero-Saldaña C, Couval G, Giraudoux P, Herrero-Cófreces S, Horváth G, Luque-Larena JJ, Tkadlec E, Wymenga E 2020 Europe-wide outbreak of common voles in 2019. Journal of Pest Science, Available here.

Galanaud P, Galanaud A, Giraudoux P, Labesse H 2020. Mortality and demographic recovery in early post-Black Death epidemics : role of recent emigrants in medieval Dijon. PLoS One, 5(1) : e0226420 Available here

2019

Giraudoux P, Villette P, Quéré JP, Damange JP, Delattre P 2019 Weather influences M. arvalis reproduction but not population dynamics in a 17-year time series. Scientific Reports, Available here.

Giraudoux, P., 2019. Pour une médecine globale, préventive et écologique…/For a global, preventive and ecological medicine... Annales Africaines de Médecine 12 (4). Available here

Giraudoux P, Zhao YM, Afonso E, Yan HB, Knapp J, Rogan M, Shi DZ, Jia WZ, Craig PS 2019 Long-term retrospective assessment of a transmission hotspot for human alveolar echinococcosis in mid-west China. PLoS NTD, 13(8) : e0007701 Available here. See also CNRS news.

Craig PS, Giraudoux P, Wang ZH, Wang Q 2019. Echinococcosis transmission on the Tibetan Plateau. Advances in parasitology, 104 : 165-246 Available here.

Marston C, Giraudoux P 2019 On the synergistic use of optical and SAR time-series satellite data for small mammal disease host mapping. Remote Sensing 11(1), 39. Available here.

Zhang Y., Clauzel C, Li J, Xue YD, Zhang YG, Wu GS, Giraudoux P, Li L, Li DQ, 2019. Identifying refugia and corridors under climate change conditions for the Sichuan snub-nosed monkey (Rhinopithecus roxellana) in Hubei Province, China. Ecology and Evolution, 9 (4) : 1680-1690 Available here.

Fernandez-de-Simon J, Coeurdassier M, Couval G, Fourel I, Giraudoux P 2019 Do bromadiolone treatments to control grassland water voles (Arvicola scherman) affect small mustelid abundance ? Pest Management Science. 75 (4) : 900-907. Available here.

2018

Giraudoux P., Lebreton J.D. 2018 La notion de santé des écosystèmes, ou ‘Zombies écologiques : comment des idées mortes vivent encore parmi nous’. Regards et débats sur la biodiversité. Société française d’écologie et d’évolution. Available here

Marilleau N, Lang C, Giraudoux P. 2018 Coupling agent-based with equation-based models to study spatially explicit megapopulation dynamics. Ecological Modelling. 384 : 34-42. Available here.

Knapp J, Giraudoux P, Combes B, Umhang G, Boué F, Said-Ali Z, Aknouchea S, Garciaa C, Vacheyrou M, Laboissière A, Raton V, Comte S, Favier S, Demersone JM, Caillote C, Millon L, Raoul F 2018. Rural and urban distribution of wild and domestic carnivore stools in the context of Echinococcus multilocularis environmental exposure. International Journal for Parasitology. Available here.

Wang X, Liu JY, Zuo QQ, Mu ZQ, Weng XD, Sun XH, Wang JY, Boufana B, Craig PS, Giraudoux P, Raoul P, Wang ZH 2018 Echinococcus multilocularis and Echinococcus shiquicus in the small mammal community on the eastern Tibetan plateau : host species composition, molecular prevalence, and epidemiological implications. Parasite and Vectors. 11:302 Available here

Fu R, Li L, Yu ZH, Afonso E, Giraudoux P 2018. Spatial and temporal distribution of Yunnan snub-nosed monkey, Rhinopithecus bieti, indices. Mammalia. 83 (2) Available here and Science Discoveries presentation here

Destoumieux-Garzón D, Mavingui P, Boetch G, Boissier J, Darriet F, Duboz P, Fritsch C, Giraudoux P, Le Roux F, Morand S, Paillard C, Pontier D, Sueur C, Voituron Y 2018 The One Health concept : 10 years old and a long road ahead. Frontiers in Veterinary Sciences. Epub. See also...

Coeurdassier, M., Fritsch, C., Jacquot, M., Van Den Brink, N., Giraudoux, P., 2018. Spatial Dimensions of the Risks of Rodenticide Use to Non-target Small Mammals and Applications in Spatially Explicit Risk Modeling, in Anticoagulant Rodenticides and Wildlife. Springer.

Datasets

Michelat D, Giraudoux P 2023. Evolution of the breeding bird populations in the Drugeon basin, Franche-Comté, France, based on IPA (1998-2020) [Data set]. In Alauda : Vol. submitted (1.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7716547

Michelat D, Giraudoux P 2023. Waterbirds counts in the Drugeon bassin, France (game reserves and hunting areas) in 2020 [Data set]. In Alauda : Vol. submitted (1.0.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7539822

Giraudoux P, Raoul F, Quéré JP, & Rieffel D 2023 MicromAsia : small mammal surveys in Western China and Kyrgyzstan (1994-2014) (1.0.0) [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7614879

Delattre P, Giraudoux P, Quéré. J.P. 2023. Relative density variations of common vole population based on index transect, Septfontaines - Le Souillot, France (1990-2000) (1.0.0) [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7544358

Delattre P, Giraudoux P, Quéré JP, & Damange JP 2022. Population dynamics of small mammals in the Jura massif, Franche-Comté, France (1979-2000) (1.0.0) [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.6997317

Souvairan P, Giraudoux P, Michelat D. 2022. Bird counts at Buanyuantula, Makalondi, Niger 1991-1993 (1.0.0) [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.6905506

Michelat D, Giraudoux P. 2022. Barn owl diet and prey fluctuations in the Jura mountains, eastern France [Data set]. In Canadian Journal of Zoology (1.0.0, Vol. 88, Number 4, pp. 416–426). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.6945677

Giraudoux P, Raoul F, Quéré J.P., Rieffel, D. 2022. Small mammal survey in Narati (China) and Sary-Mogul (Kyrgyzstan) (1.0) [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.6379911

Michelat D, Giraudoux P. 2022. Distribution of waterbirds along the Drugeon river, France [Data set]. In Nos Oiseaux (1.0.0, Vol. 69, Number 2, pp. 111–136). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.4540002

Giraudoux, P., Couval, G., 2020. Numerical response of predators to large variations of grassland vole abundance and long-term community change. [Data set] Dryad. https://doi.org/10.5061/DRYAD.QZ612JMD3

See also : dat@ubfc

Bourgogne Franche-Comté Nature

Un certain nombre de gestionnaires de bibliographie, dont Zotero, sont basés sur des fichiers de style de citation spécifiques de chaque format de journal (Citation style language, CSL). Les auteurs intéressés à publier dans Bourgogne Franche-Comté Nature peuvent procéder de deux manières :

• Préférentiellement, télécharger la dernière version du fichier *.csl ici. Elle correspond à la dernière version préparée par Estelle Camizuli. Enregistrer sous... Ensuite, un double-clic sur le fichier déclenche normalement l’installation, ou sinon, depuis Zotero, Menu ’Édition’ > ’préférences’ > dans la boite de dialogue, cliquer sur le bouton ’+’ pour l’importer.
• la version ’long terme’ du style est déposée sur le site officiel de Zotero https://www.zotero.org/styles d’où elle peut être téléchargée. Elle peut aussi bien être recherchée, téléchargée et installée depuis Zotero (Menu ’Édition’ > ’préférences’ > dans la boite de dialogue, en bleu, ’Obtenir d’autres styles...’. Rechercher le fichier sur n’importe quel mot de ’Bourgogne Franche-Comté Nature’.

Plus d’une cinquantaine d’autres gestionnaires utilisent le même format *.csl. Voir la liste ici : https://citationstyles.org

Comptages au phare

Importer ses POI ou waypoints dans un système de navigation sur smartphone : Les dénombrements sur route (ex. comptages nocturnes au phare, etc.) sont souvent effectués le long de segments de route dont les sommets sont géoréférencés, mais pour naviguer de la fin d’un segment au début de l’autre, il faut naviguer sur la route. Certains GPS peuvent facilement importer des waypoints mais ne permettent pas la navigation sur route, et ceux qui autorisent la navigation ne permettent généralement pas l’importation de waypoints (Waze, Mappy, ViaMichelin, etc.), excepté quelques sharewares. Vous trouverez dans le pdf ci-dessous une solution de contournement basée sur la combinaison de deux logiciels Google [2], My Maps et Maps, sur un smartphone.

Télécharger le pdf "Comptages sur route et navigation"

Caractère chinois dans QGIS et import/export de fichiers Excel ou txt avec des caractères chinois dans R

Download the pdf "Dealing with Chinese characters in R"

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Principe d’un modèle à effet mixte

Comprendre sans formule ce qu’est un modèle à effet mixte. Ici il est expliqué par un exemple et sans formule, ce qu’est la notion d’effet aléatoire (random effect) et quelle est sa place dans un modèle linéaire à effet mixte (= modèle hierarchique = modèle multiniveau).

Random effect et modèle linéaire à effet mixte