[Replay] : Data Mining de données Omics : développement et application de nouvelles méthodes analytiques
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ADN environnementaux et metabarcoding
Responsables : VALOT Benoît, LE BAILLY Matthieu
Les nouvelles technologies de séquençage (NGS), permettant l’analyse massive d’ADN, révolutionnent notre capacité de lecture de l’environnement par la quantification de l’ADN qui en est directement extrait (ADNe). De façon très directe en lien avec les actions scientifiques de ce projet, elles nous permettent, par exemple, de quantifier la diversité microbiologique globale de l’environnement des patients atteints de pathologies respiratoires, de modéliser les réseaux trophiques terrestres et aquatiques par l’analyse détaillée des régimes alimentaires, ou de décrire la diversité biologique des archives sédimentaires avec une résolution et une amplitude taxonomiques jusqu’ici inégalées. Ces technologies sont toutefois encore en plein développement méthodologique. Les objectifs de cet axe sont d’améliorer les outils existants (qualité de l’extraction de l’ADN de matrice complexe, de maîtriser les étapes de pré-séquençage de préparation des librairies pour les différentes applications...), d’élargir leur champ d’application à de nouvelles questions scientifiques, et de favoriser leur appropriation par la communauté de chercheurs du laboratoire en échangeant sur les pratiques et les résultats obtenus autour de séminaires et en organisant des séances de formations internes.
