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GILBERT Daniel

Contact : Daniel.Gilbert chez univ-fcomte.fr

Professeur

Laboratoire Chrono-environnement
UMR 6249 Université de Franche-Comté/CNRS

  • UFR Sciences et Techniques
    16, route de Gray
    25030 BESANCON cedex

Secrétariat UMR 6249 Chrono-Environnement
Tél : 03 81 66 62 55
Fax : 03 81 66 65 68

  • Pôle Universitaire du Pays de Montbéliard
    4 place Tharradin, BP 71427
    25 211 MONTBELIARD cedex

Secrétariat UMR 6249 Chrono-Environnement
Tél : 33 (0) 3 81 99 46 92
Fax : 33 (0) 3 81 99 46 61

Laboratoire CESAER
Centre d’Economie et de Sociologie appliquées
à l’Agriculture et aux Espaces Ruraux.
UMR 1041 INRA/Agrosup Dijon

Parcours

• Doctorant en Economie de l’Environnement, CESAER - Centre d’Economie et de Sociologie appliquées à l’Agriculture et aux Espaces Ruraux. Encadrant HDR : Cécile Détang-Dessendre, Co-encadrant : Valentin Bellassen
• Directeur du laboratoire Chrono-Environnement, UMR CNRS 6249 Université de Franche-Comté depuis le 1er janvier 2012
• Professeur depuis 2006, Laboratoire de Chrono-Environnement, UMR CNRS 6249 Université de Franche-Comté. Responsable du Pôle de Montbéliard.
• Habilitation à diriger les Recherches soutenue le 14 décembre 2005 à Besançon, Les amibes à thèque (Protista, Rhizopoda) à l’interface eau-substrat : écologie et intérêt pour l’étude des relations Homme-Environnement
• Maître de Conférences (1999-2006), Laboratoire de Biologie Environnementale, Université de Franche-Comté.
• Formation post-Doctorale du 1er janvier au 31 août 1999, GEOTOP, Université du Québec à Montréal, Canada : « Structure et fonctionnement de la boucle microbienne dans la zone littorale d’un lac du bouclier canadien ». Dr : Dolors Planas.
• Doctorat de Biologie soutenue le 21 décembre 1998, Laboratoire de Biologie Comparée des Protistes, UMR CNRS 6023, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand : « Les communautés microbiennes à la surface des tourbières à sphaignes : structure, fonctionnement et impact des apports de fertilisant ». Dr : Christian Amblard

Thématique de recherche
Ecologie microbienne à l’interface eau-substrat : boucle microbienne, réseaux trophiques microbiens, amibes à thèque, Impact des changements globaux : réchauffement climatique, contaminations de l’air, des sols et de l’eau

Publications

Plus d’informations sur :
- articles publiés et acceptés, DOI : http://publicationslist.org/daniel.gilbert
et
- articles publiés, Hindex : http://www.researcherid.com/rid/A-4137-2009

2016

  • B Karimi, C Meyer, D Gilbert, N Bernard (2016) Air pollution below WHO levels decreases by 40 % the links of terrestrial microbial networks Environmental Chemistry Letters in press : .
  • M Diaz-de-Quijano, D Joly, D Gilbert, M L Toussain, M Franchi, J M Fallot, N Bernard (2016) Modelling and mapping trace element accumulation in Sphagnum peatlands at the European scale using a geomatic model of pollutant emissions dispersion Environmental pollution 214 : 8-16.
  • L Song, D Gilbert, D Wu (2016) Vertical micro-distribution of microbial communities living in Sphagnum fallax Aquatic Microbial Ecology 77 : 1-10.
  • R J Payne, K V Babeshko, van Bellen S, J J Blackford, R K Booth, D J Charman, M R Ellershaw, D Gilbert, P D M Hughes, V E J Jassey, L Lamentowicz, M Lamentowicz, E A Malysheva, D Mauquoy, Y Mazei, E A D Mitchell, G T Swindles, A N Tsyganov, T E Turner, R J Telford (2016) Significance testing testate amoeba water table reconstructions Quaternary Science Reviews 138 : 131-135.

2015

  • C Zappelini, B Karimi, J Foulon, L Lacercat-Didier, M Maillard, V Valot, B Blaudez, D Cazaux, D Gilbert, E Yergeau, C Greer, M Chalot (2015) Diversity and complexity of microbial communities from a chlor-alkali tailings dump Soil Biology and Biochemistry 90 : 101-110.
  • V E J Jassey, C Signarbieux, S Hättenschwiler, L Bragazza, A Buttler, F Delarue, B Fournier, D Gilbert, F Laggoun-Défarge, E Lara, R T E Mills, E A D Mitchell, R J Payne, B J M Robroek (2015) An unexpected role for mixotrophs in the response of peatland carbon cycling to climate warming Scientific Reports 5 : 16931.
  • M Lamentowicz, M Słowiński, K Marcisz, M Zielińska, K Kaliszan, E Lapshina, D Gilbert, A Buttler, B Fiałkiewicz-Kozieł, V E J Jassey, F Laggoun-Defarge, P Kołaczek (2015) Hydrological dynamics and fire history of the last 1300 years in western Siberia reconstructed from a high-resolution, ombrotrophic peat archive Quaternary Research 84 : 3. 312-325.
  • E Armynot du Châtelet, N Bernard, M Delaine, J - L Potdevin, D Gilbert (2015) The mineral composition of the tests of ’testate amoebae’ (Amoebozoa, Arcellinida) : the relative importance of grain availability and grain selection Composition minérale des tests de thécamoebiens (Amoebozoa, Arcellinida) : importance relative de la disponibilité et de la sélection des grains Revue de Micropaléontologie 58 : 141-154.
  • C Meyer, M Diaz-De-Quijano, F Monna, M Franchi, M -L Toussaint, D Gilbert, N Bernard (2015) Characterisation and distribution of deposited trace elements transported over long and intermediate distances in north-eastern France using Sphagnum peatlands as a sentinel ecosystem Atmospheric Environment 101 : 286-293.

2014

  • M Diaz-de-Quijano, D Joly, D Gilbert, N Bernard (2014) A more cost-effective geomatic approach to modelling PM10 dispersion across Europe Applied Geography 55 : 108-116.
  • K Marcisz, B Fournier, D Gilbert, M Lamentowicz, E A D Mitchell (2014) Response of Sphagnum peatland testate amoebae to a one-year transplantation experiment along an artificial hydrological gradient Microbial Ecology 67 : 4. 810-818.

2013

  • D Desalme, J C Roy, P Binet, G Chiapusio, D Gilbert, M L Toussaint, L Girardot, N Bernard (2013) Exposure chambers for studying the partitioning of atmospheric PAHs in environmental compartments : Validation and calibration using experimental and computational approaches Environmental Science & Technology 47 : 15. 8399-8407.
  • R Payne, V Jassey, I Leith, L Sheppard, N Dise, D Gilbert (2013) Ammonia exposure promotes algal biomass in an ombrotrophic peatland Soil Biology and Biochemistry 57 : 936-938.
  • V Jassey, C Meyer, C Dupuy, N Bernard, E A D Mitchell, M - L Toussaint, M Métian, A Chatelain, D Gilbert (2013) To what extent do food preferences explain the trophic position of heterotrophic and mixotrophic microbial consumers in a Sphagnum-peatland ? Microbial Ecology 66 : 3. 571-580.
  • V Jassey, G Chiapusio, P Binet, A Buttler, F Laggoun-Défarge, F Delarue, N Bernard, E A D Mitchell, M L Toussaint, A J Francez, D Gilbert (2013) Above- and belowground linkages in Sphagnum-peatland : climate warming affects plant-microbial interactions Global Change Biology 19 : 3. 811-823.
  • C Meyer, D Desalme, N Bernard, P Binet, M L Toussaint, D Gilbert (2013) Using Testate Amoeba as potential biointegrators of atmospheric deposition of Phenanthrene (Polycyclic Aromatic Hydrocarbon) on "moss/soil interface-Testate Amoeba community" microecosystems Ecotoxicology 22 : 2. 287-294.

2012

  • R Payne, E A D Mitchell, H Nguyen-Viet, D Gilbert (2012) Can pollution bias peatland palaeoclimate reconstruction ? Quaternary Research 78 : 2. 170-173
  • V E J Jassey, S Shimano, C Dupuy, M - L Toussaint, D Gilbert (2012) Characterizing the feeding habits of the testate amoebae Hyalosphenia papilio and Nebela tincta along a narrow “fen-bog” gradient using digestive vacuole content and 13C and 15N isotopic analyses Protist 163 : 451–464
  • D Desalme, G Chiapusio, N Bernard, D Gilbert, M - L Toussaint, P Binet (2012) Arbuscular mycorrhizal fungal infectivity in two soils as affected by atmospheric phenanthrene pollution. Water Air and Soil Pollution. sous presse
  • Jassey V E J, G Chiapusio, D Gilbert, M - L Toussaint, P Binet (2012) Phenoloxidase and peroxidase activities in Sphagnum-dominated peatland in a warming climate Soil Biology and Biochemistry Sous presse
  • Meyer C, D Gilbert, F Gillet, M Moskura, M Franchi, N Bernard (2012) Using "bryophytes and their associated Testate amoeba" microsystems as indicators of atmospheric pollution Ecological Indicators Ecological Indicators 13 : 1. 144-151

2011

  • Desalme D, P Binet, D Epron, N Bernard, D Gilbert, M - L Toussaint, Caroline Plain, G Chiapusio (2011) Atmospheric phenanthrene pollution modulates carbon allocation in red clover (Trifolium pratense L.) Environmental Pollution in press :
  • Jassey V E J, S Shimano, C Dupuy, M - L Toussaint, D Gilbert (2011) Characterizing the feeding habits of the testate amoebae Hyalosphenia papilio and Nebela tincta along a narrow “fen-bog” gradient using digestive vacuole content and 13C and 15N isotopic analyses Protist in press :
  • Jassey V E J, G Chiapusio, D Gilbert, A Buttler, M - L Toussaint, P Binet (2011) Experimental climate effect on seasonal variability of polyphenol/phenoloxidase interplay along a narrow fen-bog ecological gradient in Sphagnum fallax Global Change Biology 17 : 9. 2945-2957
  • Jassey V E J, D Gilbert, P Binet, M - L Toussaint, G Chiapusio (2011) Effect of a temperature gradient on Sphagnum fallax and its associated living microbial communities : a study under controlled conditions Canadian journal of microbiology 57 : 3.
  • Desalme D, P Binet, N Bernard, D Gilbert, M - L Toussaint, G Chiapusio (2011) Atmospheric phenanthrene transfer and effect on two grassland species and theirs root symbionts : a study in a microcosm Environmental and Experimental Botany 71 71 : 2. 146-151
  • Jassey V, G Chiapusio, E Mitchell, P Binet, M L Toussaint, D Gilbert (2011) Fine-scale horizontal and vertical micro-distribution patterns of testate amoebae along a narrow fen/bog gradient Microbial Ecology 61 : 2. 374-385

2010

  • Nguyen Viet H, M V Frontasyeva, T M Trinh Thi, D Gilbert, N Bernard (2010) Atmospheric heavy metal deposition in Northern Vietnam : Hanoi and Thainguyen case study using the moss biomonitoring technique, INAA and AAS. Environmental Science and Pollution Research 17 : 5. 1045-1052
  • Fabure J, C Meyer, F Denayer, A Gaudry, D Gilbert, N Bernard (2010) Atmospheric trace element deposition at three differently polluted sites (industrial, urban and rural) : a comparison of accumulation capacity between an acrocarpous and a pleurocarpous moss Water, Air and Soil Pollution 212 : 1-4. 205-217
  • Wall A A J, M Magny, E A D Mitchell, B Vannière, D Gilbert (2010) Response of testate amoeba assemblages to environmental and climatic changes during the Lateglacial-Holocene transition at Lake Lautrey (Jura Mountains, eastern France) Journal of Quaternary Science (in press)
  • Wall A A J, M Magny, L Millet, D Gilbert (2010) Mise en évidence des changements climatiques durant la transition Tardiglaciaire-Holocène par les variations d’assemblages de Thécamoebiens (Protistes, Rhizopodes) au lac du Lautrey (Jura, France). Quaternaire (in press) 21 : 3.
  • Wall A A J, D Gilbert, M Magny, E A D Mitchell (2010) Testate amoeba analysis of lake sediments : impact of filter size and total count on estimates of density, species richness and assemblage, Journal of Paleolimnology 43 : 4. 689-704
  • Meyer C, D Gilbert, A Gaudry, M Franchi, H NGuyen, J Fabure, N Bernard (2010) Relationship of Atmospheric Pollution Characterized by gas (NO2) and particles (PM10) to Microbial Communities Living in Bryophytes at Three Differently Polluted Sites (Rural, Urban and Industrial) Microbial Ecology 59 : 2. 324-334
  • Mitchell E A D, D Gilbert (2010) Meeting Report : 5th International Symposium on Testate Amoebae (ISTA-5), Montbéliard, France 14-17 September 2009 - Present status of testate amoeba research, knowledge gaps and research priorities Protist 161 : 3. 337-341
  • Meyer C, N Bernard, M Moskura, M L Toussaint, F Denayer, D Gilbert (2010) Effects of Urban Particulate Deposition on Microbial Communities Living in Bryophytes : an Experimental Study Ecotoxicology and Environmental Safety 73 : 7. 1776-1784

1997-2009

  • BOEUF O. & GILBERT D. (1997) Présence de Thécamoebiens du genre Trinema au pliocène supérieur, découverte à Chilhac (Haute-Loire, France). C.R. Acad. Sci. Paris, Sc. de la terre, 325 : 623-627.
  • GILBERT D., AMBLARD C., BOURDIER G. & FRANCEZ A.J. (1998) The microbial loop at the surface of a peatland : structure, functioning and impact of nutrient inputs. Microbial Ecology, 35(1) : 83-93.
  • GILBERT D., AMBLARD C., BOURDIER G. & FRANCEZ A.J. (1998) Short effect of nitrogen enrichment on the microbial communities of a peatland. Hydrobiologia 373:111-119.
  • WILLIAMS B.L., BUTTLER A., GROSVERNIER Ph., FRANCEZ A-J., GILBERT D., ILOMETS M., JAUHIAINEN J., MATTHEY Y., SILCOCK D. J. & VASANDER H. (1999) The fate of NH4NO3 added to Sphagnum magellanicum carpets at five European mire sites. Biogeochemistry, 45(1) : 73-93.
  • GILBERT D., FRANCEZ A.J., AMBLARD C. & BOURDIER G. (2000) Les communautés microbiennes à la surface des tourbières : de bons indicateurs des perturbations d’origine anthropiques ? Ecologie, 30(1) : 45-52.
  • GILBERT D., AMBLARD C., BOURDIER G., FRANCEZ A.J. & MITCHELL E.. (2000) Le régime alimentaire des thécamoebiens (Rhizopoda, Sarcodina). L’Année Biologique. 39 : 57-68.
  • MITCHELL E.A.D., BORCARD D., BUTTLER A., GROSVERNIER P., GILBERT D. & GOBAT J.-M. (2000) Horizontal distribution patterns of testate amoebae (Protozoa) in a Sphagnum magellanicum carpet. Microbial Ecology, 39 : 290-300.
  • GILBERT D., MITCHELL EAD, AMBLARD C., BOURDIER G. & FRANCEZ A.J. (2003) Population dynamics and food preferences of the testate amoeba Nebela tincta (Protozoa ; Rhizopoda) in a Sphagnum peatland. Acta Protozoologica, 42:99-104.
  • MITCHELL E.A.D., GILBERT D., AMBLARD C., BUTTLER A., GROSVERNIER P., & GOBAT J.-M. (2003). Structure of microbial communities in Sphagnum peatlands and effect of Atmospheric Carbone Dioxide Enrichment. Microbial Ecology, 46 : 187-199.
  • TADONLEKE D.R., THOUVENOT A., GILBERT D., SIME-NGANDO T., DEBROAS D. & DEVAUX J. (2003) Size fractionated phytoplankton and relationships with metazooplankton in a newly flooded reservoir. International Review of Hydrobiology, 88(6):614-634.
  • CHAPMAN S., BUTTLER A., FRANCEZ A.J., LAGGOUN-DEFARGE F., VASANDER H., SCHLOTER M., COMBE J., GROSVERNIER P, HARMS H., EPRON D., GILBERT D., MITCHELL E.A.D. (2003) Commercial exploitation of Northern peatlands and maintenance of biodiversity – A conflict between economy and ecology. Frontiers in Ecology and the Environment. 10(1):525-532.
  • NGUYEN H., GILBERT D., BERNARD N., MITCHELL E.A.D. & BADOT P.-M (2004) Relationship between atmospheric pollution characterized by NO2 concentrations and testate amoebae abundance and diversity. Acta Protozoologica. 43:233-239.
  • MITCHELL E.A.D. & GILBERT D. (2004) Vertical Micro-Distribution and Response to N Deposition of Testate Amoebae in Sphagnum. Journal of Eukaryotic Microbiology, 51(4) : 485-495.
  • JUGNIA L-B, SIME-NGANDO T. & GILBERT D. (2006) Dynamics and estimates of growth and loss rates of bacterioplankton in a temperate freshwater system, FEMS Microbiology Ecology, 58:23-32
  • BORTOLUZZI E., EPRON D., SIEGENTHALER A., GILBERT D. & BUTTLER A (2006) Determining factors in influencing CO2 fluxes in a heterogeneous cutover bog in Jura Mountains. New phytologist, 172 : 708-718.
  • NGUYEN H., BERNARD N., MITCHELL E.A.D., CORTET J., BADOT P.-M & GILBERT D. (2007) Relationship between testate amoeba (Protist) communities and heavy metals (Pb, Cd, Zn, Ni, Cu, Mn, Fe) accumulated in the moss Barbula indica in Hanoi region, Vietnam. Microbial Ecology. 53:53-65.
  • NGUYEN H., GILBERT D., MITCHELL E.A.D., BADOT P.-M & BERNARD N. (2007) Effects of experimental lead pollution on the microbial communities associated with Sphagnum fallax (Bryophyta). Microbial Ecology. 54 (2), pp. 232-241
  • NGUYEN H., BERNARD N., MITCHELL E.A.D., BADOT P.-M & GILBERT D. (2008) Effect of Lead Pollution on Testate Amoebae Communities living in Sphagnum fallax : an experimental study. Ecotoxicology and Environmental Safety 69 (1), pp. 130-138
  • LAGGOUN-DÉFARGE F., MITCHELL E.A.D., GILBERT D., DISNAR J.-R., COMONT L. WARNER B. & BUTTLER A. (2008) Assessing cutover peatland regeneration by combined analyses of organic matter properties, bacteria, and testate amoebae (Protista). Journal of Applied Ecology, 45 (2), pp. 716-727
  • DEFORET T., MARMONIER P., RIEFFEL D., CRINI N., FRITSCH C., GIRAUDOUX P. & GILBERT D. (2008) The influence of size, hydrological characteristics and vegetation cover on nitrogen, phosphorus and organic carbon cycling in lowland river gravel bars (Doubs River, France). Fundamental and Applied Limnology, 171 (2), pp. 161-173
  • ARTZ R., CHAPMAN S.J., SIEGENTHALER A., MITCHELL E.A.D., BUTTLER A., BORTOLUZZI E., GILBERT D., YLI-PETÄYS M., VASANDER H. & FRANCEZ A.-J. (2008) Functional microbial diversity in regenerating cutover peatlands responds to vegetation succession. Journal of Applied Ecology, Journal of Applied Ecology 45 (6), pp. 1799-1809
  • DEFORET T., MARMONIER P., RIEFFEL D., CRINI N., GIRAUDOUX P. & GILBERT D. (2009) A quantitative measure of nutrient retention in the river parafluvial zone : spatial and temporal dynamics of dissolved Nitrogen, Phosphorus, Organic Carbon and bacterial abundance in a large gravel bar of the Doubs River (France). Hydrobiologia, 623 : 1. 235-250

Principales responsabilités scientifiques et administratives :

  • Directeur de l’UMR 6249, Chrono-Environnement
  • Membre élu de la 67ème section du Conseil National des Universités

http://www.cpcnu.fr/section.htm?numeroSection=67

  • Membre de l’Association Française de Limnologie

http://aflimno.free.fr/


Encadrement de thèse :

2001-2005

• Hung NGUYEN VIET (Doctorat Environnement, Santé, Société)
Sujet : Impact de la pollution atmosphérique sur les communautés de bryophytes et de thécamoebiens des mousses dans le Nord du Vietnam (Région de Hanoï). Dr P-M BADOT, D. GILBERT., N. BERNARD Thèse en cotutelle, Université de Franche-Comté, Ecole Normale Supérieure de Hanoï.

2002-2006

• Thomas DEFORET (Doctorat Environnement, Santé, Société)
Sujet : Capacités de rétention de nutriments en milieu parafluvial : dynamique spatiale et temporelle dans des bancs de gravier latéraux de la basse vallée du Doubs (France). Dr P GIRAUDOUX, D. GILBERT. Université de Franche-Comté.

2006-2010

• Adeline WALL (Doctorat Environnement, Santé, Société)
Sujet : Ecologie des amibes à thèque lacustres. Exemple de 3 lacs français, application à la paléolimnologie. D. GILBERT, M. MAGNY. Université de Franche-Comté.

• Caroline MEYER (Doctorat Environnement, Santé, Société)
Sujet : Impact de la pollution particulaires (PM10) sur le fonctionnement de la boucle microbienne dans les Bryophytes terrestres. D. GILBERT, N. BERNARD Université de Franche-Comté.

2007-2011

• Dorine DESALME (Doctorat Environnement, Santé, Société)
Sujet : Impact des HAP gazeux sur le fonctionnement d’un système sol-plante-microorganismes. D. GILBERT, N. BERNARD, G. CHIAPUSIO, P. BINET, Université de Franche-Comté.

2008-2011

• Vincent JASSEY (Doctorat Environnement, Santé, Société)
Sujet : Impact du réchauffement climatique sur le fonctionnement des communautés microbiennes à la surface d’une tourbière à sphaignes en relation avec la production phénolique par les végétaux. D. GILBERT, G. CHIAPUSIO, P. BINET, Université de Franche-Comté.

2012-2014

• Battle KARIMI (Doctorat Environnement, Santé, Société)
Sujet : Modélisation des flux de carbone au sein du complexe Bryophytes-Microorganismes associés. D. GILBERT, N. BERNARD, Université de Franche-Comté, N. NIQUIL, Université de Caen

Organisation de congrès :

• 47ème congrès de l’Association Française de Limnologie (2004)
« Fonctionnement des Hydrosystèmes et impact des activités anthropiques ». 100 participants, organisé par les laboratoires de Biologie Environnementale, de Chrono-Ecologie, de Chimie des eaux de l’Université de Franche-Comté, et le Pôle-Relais National Tourbières (Organisateur).
Financement : Région Franche-Comté, Ville de Besançon, Syndicat Mixte Loue Lison, Société ODIL, Société ACTHYD

• 5ème ISTA : International Symposium on Testate Amoeba (2009)
80 participants, organisé par le laboratoire de Chrono-Environnement et l’Université de Neuchatel (Co-organisateur avec Edward Mitchell).
Financement : Région Franche-Comté, Département du Doubs, Communauté d’agglomération du pays de Montbéliard.

• International Workshop « Sphagnum Peatlands and long-range transboundary atmospheric pollutions » (2011)
40 participants, organisé par le laboratoire de Chrono-Environnement
Financement : Région Franche-Comté, Ambassade de France en République Tchèque, Communauté d’agglomération du pays de Montbéliard.

Coopérations industrielles et valorisation (contrats, dépôts de brevets, logiciels) :

Contrats internationaux

• Impact of nitrogen deposition on the carbon balance in peatland ecosystems : 1993-1996, Project No. EV5V-CT92-0099
Participants : WILLIAMS B. L., SILCOCK D. J. (Ecosse), FRANCEZ A-J., GILBERT D. (France), BUTTLER A., GROSVERNIER Ph. (Suisse), VASANDER H., JAUHIAINEN J. (Finlande), ILOMETS M. (Estonie), KAJAK A. & PETAL J. (Pologne)

• Reconciling Commercial Exploitation of Peat With Biodiversity in Peatlands Ecosystems (RECIPE) : 2003-2005, Project No. EVK2-CT-2002-00154
Participants : CHAPMAN S., CAMPBELL C., ANDERSON I.., ROBERTS D. (Ecosse) DISNAR J.-R., EPRON D., FRANCEZ A-J., GILBERT D., LAGGOUN-DEFARGE F., BUTTLER A. (France), CHATZINOTAS A, COMBE J., GROSVERNIER Ph. HARMS H. (Suisse), VASANDER H. (Finlande), MUNCH J.-C., SCHLOTER M. (Allemagne)

Contrats nationaux

• « PAPETERIE OTOR » (2001-2003) : Etude du fonctionnement de la rhizosphère pour le traitement des effluents industriels de la papeterie du Doubs : Bilan de fonctionnement, Etude d’impact, Possibilité de réutilisation des eaux traitées (Responsable du programme)
Financements : Région Franche-Comté , Agence de l’Eau RMC

• « PAPETERIE OTOR » / Programme « Avenir du Territoire entre Saône et Rhin » (2003-2005) : Processus d’épuration de l’eau dans les lits de graviers naturels (Basse Vallée du Doubs) et artificiels (papeterie du Doubs, Novillars) (Responsable du programme)
Financements : Région Franche-Comté, Etat

• « Etude du fonctionnement de la zone benthique du lac d’Annecy, Haute-Savoie » (2001-2004) : Structure et métabolisme des communautés microbiennes périphytiques du lac d’Annecy
Financements : Région Rhône-Alpes

• PRIMEQUAL 2-Predit (PROGRAMME DE RECHERCHE INTERORGANISME POUR UNE MEILLEURE QUALITE DE L’AIR A L’ECHELLE LOCALE) (2005-2007) : Développement d’outils biologiques d’évaluation des impacts des aérosols et des particules atmosphériques dans des écosystèmes diversement pollués : mesures de réponses précoces induites chez les bryophytes (biomarqueurs) et leurs communautés microbiennes (bioindicateurs).
Financements : Ministère de l’Environnement

Voir le rapport final : http://www.ecologie.gouv.fr/IMG/pdf...

• ANR « PEAT-WARM » (2008-2011) Projet N° ANR-07-VUL-010 : Effect of moderate warming on the functioning of Sphagnum peatlands and their function as carbon sink (Responsable du site d’étude)
Participants : ALBERIC C., DEFARGE C., DISNAR J-R., GAUTRET P., LAGGOUN-DEFARGE F. (CNRS UMR 6113, ISTO – Université d’Orléans), BERNARD N., BINET P., CHIAPUSIO G., GILBERT D., TOUSSAINT M-L. (UsC INRA 3184, Université de Franche-Comté), EPRON D., GERANT D., MAILLARD P., PLAIN C. (INRA UMR 1137 Université Henri Poincaré Nancy I), BINET F., BRIAND M-P., FRANCEZ A-J., JOSSELIN N. (CNRS UMR 6553 et IFR 90 Université de Rennes 1), CATOIRE V., CHARTIER M., GUIMBAUD C., POMATHIOD M., ROBERT C. (UMR 6115 CNRS - Université d’Orléans), GRASSET L., AMBLES A. (CNRS UMR 6514 Univerité de Poitiers), BUTTLER, MITCHELL E (CNRS UMR 6565 – Université de Franche-Comté)
Financement : ANR

Plus de renseignements sur
http://peatwarm.cnrs-orleans.fr/

• PRIMEQUAL-Predit (PROGRAMME DE RECHERCHE INTERORGANISME POUR UNE MEILLEURE QUALITE DE L’AIR A L’ECHELLE LOCALE) (2010-2012) : Utilisation des tourbières à sphaignes pour la quantification des dépôts de contaminants atmosphériques à longue distance et pour la mesure de leur impact sur l’environnement.
Participants : BERNARD N. (Responsable), GILBERT D., E. GAUTHIER, JOUFFROY I., JOLY D. (Université de Franche-Comté), MONNA F. (Université de Bourgogne), MITCHELL E. (Université de Neuchâtel), SIME-NGANDO T. (Université de Clermont-Ferrand II).

Dépôt de Brevet :
Gilbert D., Gilbert J.E., Bernard N. Brevet n° 10/58517 (2010) portant sur un « dispositif et son utilisation pour la mise en œuvre du suivi d’un écosystème – propriétaire : UFC/CNRS/Société VIGICELL

Information scientifique & technique et vulgarisation :

GILBERT D. & COSTE M. (1998) Les communautés microbiennes à la surface des tourbières. Vidéo 10 minutes. Sélectionnée pour le 3ème festival du film de chercheur de Nancy (Mars 1998) dans la catégorie Investigation et publication scientifiques et pour le 3ème festival audiovisuel international du Val de l’Indre.

GILBERT D., FRANCEZ A.-J. (1999) Les communautés microbiennes des tourbières. in MANNEVILLE O. : "Le monde des tourbières et des marais". Ed DELACHAUX- NIESTLE, 280 p., Brussels.

GILBERT D. (2000) La mixotrophie chez le protozoaire Hyalosphaenia papilio. Vidéo pour l’emission « Archimède ». ARTE, 11 janvier.

GILBERT D. & MITCHELL EAD. (2006) Microbial diversity in Sphagnum peatlands. In : Peatlands : basin evolution and depository of records on global environmental and climatic changes. Martini IP, Matinez Cortizas A, & Chesworth W. (Eds.). Developments in Earth Surface Processes series. Elsevier (Amsterdam), pp 287-318.

Activités internationales :

Séjours invités
- 2008 JAPON : Dr Satoshi Shimano, Sendai University / Lake Biwa Museum : “ Testate amoeba analysis in Lake Biwa ”. Octobre 2008 (2 semaines).
- 2009 ARGENTINE : Dra. Gabriela Mataloni, Universidad de Buenos Aires. « Las lagunas de la turbera de Rancho Hambre (Tierra del Fuego) : un estudio limnologico integrado ». Février 2009 (2 semaines).
- 2012 SIBERIE : Université de khanty mansiysk. Mise en place d’une site expérimental Réchauffement climatique/variation de nappe en tourbière . Juillet 2012 (2 semaines).

Invitations à congrès
GILBERT D., MITCHELL E.A.D. (2002) Les Rhizopodes, élément clef des réseaux trophiques microbiens au niveau des milieux « interfaces ». Conférencier invité, Congrès du Groupement des protistologues de Langue Française (GPLF), La Rochelle (France).

MITCHELL E.A.D., BUTTLER, A., GILBERT D., WARNER BG. (2002) What can protists tell us at the community level in wetland ecosystems ? EST/LESC Exploratory workshop : Applied and environmental protistology. Lausanne, Switzerland

FRANCEZ A-J & GILBERT D. (2005) Ecologie microbienne de tourbières en régénération. Colloque "Origines, dynamiques et conservation des tourbières". St Etienne.

Activité d’enseignements :

Responsabilités pédagogiques

2008-2012 Responsable de la spécialité GDE "gestion Durable de l’Environnement pour les Territoires et les entreprises " du Master Sciences Environnementales

http://www.univ-fcomte.fr/download/partage/document
/docformations2008-2009/mastergde.pdf

Etablissement : Université de Franche-Comté

Discipline : Ecologie, Zoologie

Nature (CM, TD, TP) et volume (nombre d’heures effectives) : 220 h /an (50 % TP – 30 % TD – 20 % CM)

Niveau (L, M, D, à l’exception de la direction des thèses) : L, M, D