Je propose de m’intéresser à deux types de pathogènes rencontrés dans les milieux aquatiques : le bacille du Choléra, et les enterobactéries antibio-résistantes potentiellement pathogènes d’origine hospitalière. Je souhaite rechercher les voies de dispersion aquatiques et les foyers potentiels des bactéries en tirant partie de mes compétences et en en acquérant de nouvelles (écologie microbienne, histoire). Je veux explorer à partir de la bibliographie et des archives 1) les facteurs explicatifs, d’ordre écologique, hydrogéologique et anthropique, de la maintenance du cholera le long du rift et à l'échelle de l’Afrique, et 2) la documentation historique des épidémies de choléra en France, afin de tester l’hypothèse selon laquelle les facteurs identifiés dans le volet 1 sont étroitement apparentés à ceux déterminant les épidémies de l’histoire de France. Pour les bactéries, ma première hypothèse est qu’elles contaminent les zones humides des vallées alluviales à partir de la rivière (recevant les effluents des STEPS) ou des zones cultivées (épandages de boues) par les flux hydriques épigés ou hypogés, et que leur déplacement peut être tracé à partir de la mesure de la contamination des différentes masses d’eau, et de l’identité génétique des souches. Ma deuxième hypothèse est que les zones humides peuvent potentiellement constituer des niches pour ces bactéries. Je souhaite dimensionner cette niche à l'aide d'expérimentations en laboratoire et in situ.