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Soutenance de thèse de Cyril Zappelini

Cyril Zappelini a le plaisir de vous convier à sa soutenance de thèse intitulée "Étude des communautés microbiennes rhizosphériques de ligneux indigènes de sols anthropogéniques, issus d’effluents industriels". Elle se tiendra mardi 3 juillet à 14 h, dans l’amphi du bâtiment B, Pôle Universitaire du Pays de Montbéliard.

Membres du jury :

  • Vera SLAVEYKOVA (Professeure, Univ. de Genève) Rapporteure
  • Bertrand AIGLE (Professeur, Univ. de Lorraine) Rapporteur
  • Céline ROOSE-AMSALEG (IGR, Univ. de Rennes) Examinatrice
  • Karine JEZEQUEL (Maître de conférences, Univ. de Haute Alsace) Examinatrice
  • Nicolas CAPELLI (Maître de conférences HDR, UBFC) Encadrant
  • Christophe GUYEUX (Professeur, UBFC) Co-directeur de thèse
  • Michel CHALOT (Professeur, UBFC) Directeur de thèse

Résumé
Ce sujet de thèse intègre l’un des projets globaux de l’UMR UFC/CNRS 6249 Chrono-environnement intitulé «  stratégies de phytoremédiation basées sur l’utilisation d’arbres et de micro-organismes associés  », notamment grâce au projet PROLIPHYT (Eco-Industrie, ADEME, 2013-2018), et au projet PHYTOCHEM (ANR CD2i, 2013-2018). Cette thèse s’appuie donc sur la réhabilitation de deux zones de stockage de sédiments industriels, utilisées jusque dans les années 2000. Ces deux sites expérimentaux (terril de l’Aillon, site INOVYN de Saint-Symphorien-sur-Saône en Côte-d’Or ; terril de l’Ochsenfeld, site CRISTAL de Thann en Alsace) présentent des caractéristiques physico-chimiques très particulières qui en font des lieux d’études privilégiés. D’autant plus qu’un phénomène de recolonisation naturelle et spontanée de végétaux, plus particulièrement d’espèces ligneuses, est observé. Sans doute le résultat d’étroites collaborations avec des microorganismes telluriques situés aux abords de leur système racinaire. Dans ce contexte, nous avons développé une approche innovante de séquençage à haut débit par Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM) et Illumina MiSeq pour caractériser : (i) la diversité des populations microbiennes inféodées aux racines de peupliers et saules indigènes implantés sur le site INOVYN, (ii) la composition des communautés microbiennes rhizosphériques de bouleau, principale espèce pionnière du terril de résidus de gypse rouge de Thann, (iii) l’évaluation des propriétés des bactéries dans la bioremédiation, en améliorant la reprise et la croissance après isolement. Les résultats de l’étude par métabarcoding nous ont permis d’évaluer les changements potentiels d’un point de vue taxonomique mais aussi fonctionnel des communautés de rhizobactéries dans leurs activités de coopération en relation avec ces trois espèces ligneuses et les caractéristiques de ces sédiments industriels.

Mots-clés :
Tailings (sol anthropogénique), milieu naturel (sol non-perturbé), Salicacées (peuplier, saule), Bétulacées (bouleau), rhizobactéries, métabarcoding, diversité, identification, caractérisation, Plant Growth Promoting Rhizobacteria, microbiologie environnementale, site INOVYN de Tavaux, site de l’Ochsenfeld.

publié le