Site Hauts du Chazal
UMR 6249 Chrono-environnement
19 rue Ambroise Paré
25030 Besançon cedex
France
Adeline Gagnon
Doctorante
PATHOGENES
PATHOGENES
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+33 (0)3 63 08 22 75, bureau R245 (HdC)
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Référent⋅e Chrono :
agagnonBio-informatique – Bactériologie – Génomique microbienne – Clones à haut risque épidémique
Présentation
Thèse débutée en octobre 2025 sous la direction de Benoit Valot.
Sujet : Génomique comparative et phylogénomique des clones à haut risque épidémique du pathogène bactérien Pseudomonas aeruginosa pour la caractérisation génétique de leur succès
Je suis doctorante en bioinformatique au laboratoire Chrono-environnement, UMR6249, Université Marie et Louis Pasteur, à Besançon. Je travaille sur la génomique comparative et phylogénomique des clones à haut risque épidémique de Pseudomonas aeruginosa afin de caractériser les éléments génétiques de leur succès.
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Publications
3 documents
Articles dans une revue
- Samantha Poloni, Adeline Gagnon, Benoit Valot, Alexandre Meunier, Didier Hocquet, et al.. Genomic determinants of penicillin G susceptibility and cefazolin inoculum effect in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus bloodstream isolates. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2026, 81 (11), ⟨10.1093/jac/dkag328⟩. ⟨hal-05788481⟩
- Lea Devoos, Houssein Gbaguidi-Haore, Adeline Gagnon, Benoit Valot, Catherine Chirouze, et al.. Foreign body infection following Staphylococcus aureus bloodstream infection: Host risk factors and bacterial genetic characteristics. Journal of Microbiology, Immunology and Infection, 2026, ⟨10.1016/j.jmii.2026.06.006⟩. ⟨hal-05678286⟩
Logiciel
- Benoit Valot, Adeline Gagnon, Ting Xie, Ana Temtem. bactRline : Pipeline for bacterial genomes assembly and characterization. 2025, ⟨swh:1:rev:4b87967eb80f6c064c574bb6e39af35693c5c4a1;origin=https://github.com/bvalot/bactrline;visit=swh:1:snp:0d682516b3cc1b9426dcc6fc6fcf0856931e5847⟩. ⟨hal-05780444⟩
Documents récupérés de l'archive ouverte HAL 