Les objectifs communs de ce thème sont de comprendre et d’identifier les facteurs favorisant l’émergence, la sélection et la diffusion des AP. Les modifications de l’environnement, les interactions entre l’homme et l’animal, les contaminations par les agents sélecteurs de mutations et les transferts génétiques modifient ainsi l’histoire évolutive de ces pathogènes, à l’échelle de la population humaine, de la communauté microbienne (microbiotes) et de la cellule d’AP (single cell). La particularité de ce thème est d’avoir une approche intégrée, allant des observations (cliniques ou sur le terrain) et des caractérisations phénotypiques des AP, jusqu’au décryptage des mécanismes moléculaires physiopathologiques à l’aide d’outils ‘omics’.