Le laboratoire Chrono-environnement est membre de trois des quatre Écoles Doctorales de l’Université de Franche-Comté. Environ 70 doctorants sont présents en permanence dans le laboratoire. Les thématiques étudiées sont, à l’image du laboratoire, très diversifiées, c’est pourquoi il a semblé très important de favoriser les échanges formels et informels, par exemple en mélangeant les disciplines dans les bureaux, en créant une journée des doctorants annuelle entièrement organisée par un groupe d’étudiants, ou en facilitant l’organisation d’événements festifs annuels.
De plus, le laboratoire pilote plusieurs masters et participe à un grand nombre de formations en archéologie, environnement, géosciences, chimie... Les principales réalisations au cours du quinquennal ont consisté à consolider/mettre en place deux masters franco-suisses, trois Cursus de Masters en Ingénierie (dont deux en portage exclusif ou principal), et plus récemment un master international à Kinshasa.