Diffusion
Pathogènes – Axe 1
Diffusion des agents pathogènes humains
La diffusion des agents pathogènes (AP) est étudiée à partir de collections de micro-organismes isolés de prélèvements d’origine humaine, mais également environnementale (professionnel, domestique, hospitalier) et animale (élevage et faune sauvage).
Escherichia coli, Bactéries
Aedes albopictus, moustique tigre, vecteur de maladie © Institut Pasteur
Les chercheurs de ce thème travaillent sur les AP à diffusion communautaire et/ou hospitalière. En conséquence, ils intègrent dans leur analyse, les réservoirs environnementaux ‘naturels’ (eaux, sols, air) et hospitaliers (air, réseaux d’eau, surfaces), grâce à des capteurs ou à des prélèvements environnementaux, mais aussi humains, provenant de sujets sains ou infectés, hospitalisés ou non. La compréhension de la diffusion des AP impose la constitution de collections sur une grande échelle de temps et d’espace. Ainsi, les micro-organismes sur lesquels les chercheurs de ce thème travaillent ont été collectés dans plusieurs pays (Allemagne, Espagne, États-Unis, Royaume-Uni, etc.) et sur des temps longs (à l’échelle des siècles pour les paléo-microbiologistes).
Le but est de déchiffrer le mode de propagation des agents pathogènes et l’éco-épidémiologie des maladies infectieuses. Les méthodes utilisées reposent sur la comparaison des phénotypes et des génotypes des AP.
Ces stratégies permettent :
– d’identifier les caractéristiques des AP et les conditions de l’environnement et des hôtes qui favorisent leur propagation,
– de développer des modèles prédictifs du risque d’émergence des AP à plusieurs échelles spatio-temporelles, et de développer des outils pour anticiper et contrôler les épidémies actuelles et futures.
La lutte contre la diffusion des AP passe également par une amélioration des outils de dépistages primaires et secondaires de certaines infections et/ou de leurs conséquences incluant, par exemple, la caractérisation précise du phénomène d’hésitation vaccinale et l’amélioration du dépistage du cancer du col de l’utérus (amélioration de la performance et du vécu par les femmes) induit par les papillomavirus humains (HPV).
