Microbiologie environnementale

PEA²t : Biologie, Biologie Moléculaire, Ecophysiologie (B2ME)

Microbiologie environnementale – cytométrie (Montbéliard)

Caractérisation et comptage des populations de micro-organismes, isolement et culture de micro-organismes, caractérisation génétique.

Les analyses ou préparations

• Isolement et comptage de populations fongiques et bactériennes de sol ou végétaux.
• Mesure de la colonisation mycorhizienne des plantes.
• Préparation d’échantillon pour caractérisation génétique (extraction, amplification, migration et quantification d’ADN / ARN).
• Etude des cinétiques de croissance microbiennes en conditions de température et d’humidité contrôlées.
• Culture en bioréacteur.
• Culture végétale en chambre de croissance sous conditions de température et d’hygrométrie contrôlées, test de germination et de croissance.
• Mesure des biomasses bactériennes et algales d’échantillons en solution par cytomètrie (quantification et qualification de cellules en fonction de leur taille, leur granulosité et de leur fluorescence).

Liste des appareillages

• biologie moléculaire : vibro broyeur à bille, centrifugeuse, thermocycleur, électrophorèse sur gel, spectrophotomètre ADN
• lecteur de microplaque TECAN Spark équipé pour : mesures d’absorbance UV-visible (200 à 1000nm), gestion de l’humidité, quantification de l’ADN/ARN microbien sur plaque Nanoquant
• autoclave vase clos 90L, autoclave de paillasse (CertoClav EL 18L), hotte à flux laminaire
• incubateur- agitateurs pour plaque 96 puits ou pour flacons
• bioréacteur /fermenteur contrôlé avec 2 cuves en verre (2 et 5 L)
• 1 salle de culture au sol avec 8 projecteur VEGELED (spectre rouge et blanc) et 4 profilés LED sur paillasse
• BD Accuri C6 Flow Cytometer (passeur plaque et tube, excitation 488 et 640 nm, détection à 530, 580, 670 et 675 nm)
• 2 stéréo microscopes LEICA.