Séverine Lallemand a le plaisir de vous convier à sa soutenance de thèse, intitulée : Caractérisation phylogénomique de la diversité génétique d’Échinococcus multilocularis : application à l’étude de patients français atteints d’échinococcose alvéolaire. La soutenance se déroulera le jeudi 12 décembre à 14h, bâtiment Bio-Innovation (4 rue Charles Bried, 25000 Besançon).
Composition du jury :
Dr. Franck BOUÉ, ANSES, Malzéville – Rapporteur
Dr. Olivier REY, IHPE, Perpignan – Rapporteur
Pr. Matthieu LE BAILLY, Chrono-environnement, Besançon – Examinateur
Dr. Grégory KARADJIAN, ANSES, Maisons-Alfort – Examinateur
Dr. Aurélien MERCIER, ÉpiMaCT, Limoges – Examinateur
Pr. Jorge OYHENART, CONICET, La Pampa, Argentina – Invité
Dr. Benoît VALOT, Chrono-environnement, Besançon – Directeur de Thèse
Résumé :
L’échinococcose alvéolaire (EA) est une maladie zoonotique grave reconnue comme maladie infectieuse émergente par l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé). Elle est due à une infection par le métacestode d’Echinococcus multilocularis, parasite intestinal dont les principaux hôtes définitifs sont le renard et le chien. Le parasite est présent uniquement dans l’hémisphère nord avec une aire de répartition allant du Canada à la Russie en passant par la Chine et le Japon. En France, la maladie est historiquement associée à une zone endémique alpine (Doubs, Jura, Haute-Savoie) étendue par la suite au Grand-Est. Cependant, depuis les années 1990, de nouveaux cas apparaissent en dehors de cette zone. Cet élargissement est également observé en Europe, tant en ce qui concerne la présence du parasite dans la faune sauvage que la maladie elle-même. Afin de mieux comprendre l’origine de ces souches, une méthode précise de génotypage est nécessaire. Cependant, les méthodes actuelles manquent soit de précision (séquençage de 2/3 gènes mitochondriaux) soit de reproductibilité (caractérisation d’un microsatellite multilocus nucléaire répété en tandem, EmsB).
Dans ce contexte, ce travail de thèse a consisté à développer une nouvelle méthode de génotypage en utilisant les techniques de séquençage haut-débit pour la reconstruction complète du génome mitochondrial d’E. multilocularis. Cette technique a été utilisée pour la caractérisation de 57 souches issues de prélèvements de patients français diagnostiqués entre 1987 et 2022. Ces données ont été confrontées à un panel de 56 souches d’origine humaine ou animale, de tous les continents touchés par l’EA.
L’analyse phylogénétique de ces données a permis de retrouver la structure cloisonnée entre les haplogroupes « européen », « asiatique » et « arctique », mais également un potentiel autre haplogroupe « mongol ». Chez les patients français, trois sous-haplogroupes ont été mis en évidence. L’un de ces sous-haplogroupes rassemblait toutes les souches isolées chez les patients du nord-ouest de la France, mais également des souches suisses, suédoises, polonaises et nord-américaines. La présence d’un unique haplotype dans le quart nord-ouest de la France semble témoigner d’une diffusion récente du parasite.
Des études plus poussées (séquençage complet du génome nucléaire, transcriptomique) de ce sous-haplogroupe pourraient permettre de mieux comprendre les raisons de son expansion récente. Par ailleurs, cette nouvelle méthode de séquençage pourrait devenir le nouveau standard pour la caractérisation génotypique du parasite et offrirait de nouvelles perspectives quant à la compréhension de sa structure de population sur d’autres terrains d’étude (Chine, Amérique du Nord…).
