ADN environnemental

L’ADN environnementale (eDNA) est l’ADN extrait de matrices complexes tels que le sols, l’eau, etc. Bien que dégradé, il est un proxy permettant d’évaluer les communautés présentes dans ces milieux et est complémentaire des autres approches d’inventaires. La caractérisation de l’eDNA passe par différentes étapes de préparation, d’extraction et d’amplification qui nécessitent une démarche proactive afin de s’affranchir des contaminations. Dans ce contexte, une salle blanche dédiée à l’ADN ancien est en cours d’installation.
Des analyses ciblées par PCR ou qPCR sont réalisées dans le but de caractériser différents traits (taxonomie, sexe, etc.) et l’abondance de certaines espèces. En parallèle, des approches de métagénomiques sont effectuées pour réaliser l’inventaire (espèces, et/ou fonction) d’un échantillon environnemental. Le séquençage haut-débit est sous-traité, mais les compétences sont présentes pour l’analyse bio-informatique de ces données.