ADN environnemental
Plateforme technologique d’étude des Environnements Anciens et Actuels (PEA²t)
Isolation et caractérisation de l’ADN environnemental
Mise en œuvre de techniques de biologie moléculaire telles que la PCR quantitative, ou la métagénomique pour l'analyse de l'ADN issu d'échantillons environnementaux.
L’ADN environnementale (eDNA) est l’ADN extrait de matrices complexes tels que le sols, l’eau, … Bien que dégradé, il est un proxy permettant d’évaluer les communautés présentes dans ces milieux et est complémentaire des autres approches d’inventaires. La caractérisation de l’eDNA passe par différentes étapes de préparation, d’extraction et d’amplification qui nécessitent une démarche de marche en avant afin de s’affranchir des contaminations. Dans ce contexte, une salle blanche dédiée à l’ADN ancien est en cours d’installation.
Des analyses ciblées par PCR ou qPCR sont réalisées afin de caractériser différents traits (taxonomie, sexe, …) et l’abondance de certaines espèces. En parallèles, des approches de métagnomiques sont utilisées pour réaliser l’inventaire (espèces, et/ou fonction) d’un échantillon environnemental. Le séquençage haut-débit est sous-traité, mais les compétences sont présentes pour l’analyse bio-informatique de ces données.
Des analyses ciblées par PCR ou qPCR sont réalisées afin de caractériser différents traits (taxonomie, sexe, …) et l’abondance de certaines espèces. En parallèles, des approches de métagnomiques sont utilisées pour réaliser l’inventaire (espèces, et/ou fonction) d’un échantillon environnemental. Le séquençage haut-débit est sous-traité, mais les compétences sont présentes pour l’analyse bio-informatique de ces données.
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Mots-clés
Microbiologie Écologie moléculaire Santé animale Santé humaine Salle blanche Bio-informatique
