GAP-AFR (JPI-AMR)
Projet GAP-AFR (JPI-AMR)
Bridging the gap between environment and patient; investigating the risk and transmission of antifungal resistance in Aspergillus fumigatus (Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance)
Les médicaments antifongiques azolés utilisés pour traiter les infections à Aspergillus fumigatus (pathogène fongique défini comme prioritaire par l’OMS) sont de moins en moins efficaces du fait de l’utilisation de molécules similaires pour la protection des cultures et des matériaux. Le projet vise à cartographier à l'échelle mondiale le pourcentage d’Aspergillus fumigatus résistants aux azolés, dont la croissance peut persister malgré le traitement antifongique.
Le projet porte sur la résistance aux antifongiques chez Aspergillus fumigatus, pathogène fongique de l’Homme récemment défini comme prioritaire par l’OMS, et pathogène aussi pour les animaux (animaux d’élevage et animaux sauvages). Depuis 25 ans, on assiste à une augmentation de la résistance aux antifongiques azolés médicaux chez A. fumigatus, à la fois chez des souches cliniques isolées de patients, mais également chez des souches de l’environnement, en lien avec l’utilisation des fongicides azolés pour la préservation des cultures et des matériaux. Ce double usage (médical et environnemental) d’une même grande famille de molécules compromet la survie de patients à risque.
Ce phénomène de résistance est aujourd’hui décrit à l’échelle mondiale. Afin d’obtenir des données de surveillance fiables et de comprendre les risques associés à l’exposition des patients à risque, il existe un besoin urgent de mettre en place des systèmes de surveillance de cette aérocontamination, dans différents pays et laboratoires à travers le monde, y compris dans les pays en développement.
Ce phénomène de résistance est aujourd’hui décrit à l’échelle mondiale. Afin d’obtenir des données de surveillance fiables et de comprendre les risques associés à l’exposition des patients à risque, il existe un besoin urgent de mettre en place des systèmes de surveillance de cette aérocontamination, dans différents pays et laboratoires à travers le monde, y compris dans les pays en développement.
Répartition mondiale des publications portant sur des cas d’A. fumigatus résistants aux azoles dont l’origine est environnementale (mutations TR34 ou TR46 sur le gène Cyp51A). Les pays non signalés dans la Figure 1 sont plus susceptibles d’être absents en raison d’un manque de surveillance à la fois en clinique et dans l’environnement qu’en raison d’une absence avérée de souches résistantes. ©Steffi ROCCHI et Evelyne SNELDERS. Ref : S. ROCCHI, C. GODEAU, E. SNELDERS, Emerging Contaminants: Emergence Of A Pathogenic Fungi Resistant To Antifungals, A Threat From The Environment, 2020. livre Morin-Crini N, Lichtfouse E, Crini G. Emerging contaminants. Vol. 1, Occurrence and impact Publié par Springer Nature en 2021
Les objectifs sont les suivants :
- Standardiser les méthodes de surveillance environnementale (air) de la résistance aux antifongiques chez A. fumigatus.
- Réaliser une étude de prévalence de la résistance dans 47 pays : les sept partenaires de ce projet (Europe et Ouganda), les 15 partenaires du réseau INFORM-AFR (y compris l’Australie et l’Inde) et 25 pays africains.
- Anticiper sur la problématique de la résistance en étudiant les niveaux actuels de résistance aux nouveaux antifongiques, les mécanismes susceptibles de contribuer à la résistance et à la persistance/expansion dans l’environnement, et en mettant au point des méthodes de détection rapide de nouvelles résistances chez A. fumigatus.
- Informer les parties prenantes afin qu’elles puissent prendre des décisions fondées sur des données probantes concernant l’utilisation durable des antifongiques.
En bref
Durée du projet : du 01/06/2024 au 01/06/2027
Financement : Partie française financée par l’ANR, 233 k€
Coordination du projet : Eveline Snelders, Wageningen University & Research, Netherlands
Personnes référentes au sein du laboratoire :
Laurence Millon, Professeure, PATHOGENESlmillon@-Code to remove to avoid SPAM-chu-besancon.fr, +33 (0)3 70 63 23 53, bureau CHU Besançon
Steffi Rocchi, Chercheuse associée, PATHOGENES, POLLUTIONsteffi.rocchi@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 39, bureau R210 (HdC)
Autres membres du laboratoire impliqués :
Personnels recrutés :
- Steffi ROCCHI (postdoc)
- Julie ROUSSELOT (thèse)
Partenaires et laboratoires associés :
- Eveline Snelders, Wageningen University & Research, Netherlands (Coordinateur du projet)
- Michael Bromley, University of Manchester, United Kingdom
Jorge Amich, Instituto de Salud Carlos III, Spain - Alida Fe Talento, Trinity College Dublin, Ireland
- Felix Bongomin, Gulu University, Uganda
- Matthew Fisher, Imperial College London, United Kingdom
Observation microscopique d’Aspergillus fumigatus ©Steffi ROCCHI
En savoir plus
Antifongiques, antibiotiques : des mécanismes de résistance identiques
Les mycoses résistantes aux médicaments antifongiques se multiplient. Notamment parce que les traitements contre les champignons pathogènes sont utilisés aussi bien en agriculture qu’en santé humaine et animale. Aspergillus fumigatus peut par exemple provoquer des...
Références bibliographiques :
- Chloé Godeau, Nadia Morin-Crini, Grégorio Crini, Jean-Philippe Guillemin, Anne-Sophie Voisin, et al.. Field-Crop Soils in Eastern France: Coldspots of Azole-Resistant Aspergillus fumigatus. Journal of Fungi, 2023, 9 (6), pp.art. 618. ⟨10.3390/jof9060618⟩. ⟨hal-04165581⟩
- Steffi Rocchi, Thomas Sewell, Benoit Valot, Chloé Godeau, Audrey Laboissiere, et al.. Molecular Epidemiology of Azole-Resistant Aspergillus fumigatus in France Shows Patient and Healthcare Links to Environmentally Occurring Genotypes. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2021, 11, pp.729476. ⟨10.3389/fcimb.2021.729476⟩. ⟨hal-03529832⟩
- Steffi Rocchi, Chloé Godeau, Emeline Scherer, Gabriel Reboux, Laurence Millon. One year later: The effect of changing azole-treated bulbs for organic tulips bulbs in hospital environment on the azole-resistant Aspergillus fumigatus rate. Medical Mycology, 2021, 59 (7), pp.741-743. ⟨10.1093/mmy/myab007⟩. ⟨hal-03315945⟩
- Chloé Godeau, Gabriel Reboux, Emeline Scherer, Audrey Laboissière, Clothilde Léchenault-Bergerot, et al.. Azole-resistant Aspergillus fumigatus in the hospital: Surveillance from flower beds to corridors. American Journal of Infection Control, 2019, ⟨10.1016/j.ajic.2019.10.003⟩. ⟨hal-02543262⟩
- A. Jeanvoine, S. Rocchi, A.P. Bellanger, G. Reboux, L. Millon. Azole-resistant Aspergillus fumigatus: A global phenomenon originating in the environment?. Médecine et Maladies Infectieuses, 2019, ⟨10.1016/j.medmal.2019.07.014⟩. ⟨hal-02280190⟩
- Steffi Rocchi, Manon Ponçot, Nadia Morin-Crini, Audrey Laboissière, Benoît Valot, et al.. Determination of azole fungal residues in soils and detection of Aspergillus fumigatus-resistant strains in market gardens of Eastern France. Environmental Science and Pollution Research, 2018, 25 (32), pp.32015-32023. ⟨10.1007/s11356-018-3177-6⟩. ⟨hal-01957023⟩
- A. Jeanvoine, S. Rocchi, G. Reboux, N. Crini, G. Crini, et al.. Azole-resistant Aspergillus fumigatus in sawmills of Eastern France. Journal of Applied Microbiology, 2017, 123 (1), pp.172 – 184. ⟨10.1111/jam.13488⟩. ⟨hal-01664748⟩
Plateforme technologique associée
Biologie, biologie moléculaire, écophysiologie (B2ME)
Le pôle Biologie, Biologie Moléculaire, Écophysiologie regroupe huit unités techniques réparties sur trois sites. Les compétences et équipements de B2ME couvrent de l’acquisition du matériel biologique (prélèvements animaux, culture de plantes ou de microorganismes) à leur analyse par des techniques moléculaires (analyse ADN/ARN, protéomique ou immunologie).