Recherche
Une approche interdisciplinaire
La structuration scientifique en cinq thèmes est issue d’une réflexion collective. Notre unité rassemble des compétences interdisciplinaires pour répondre aux enjeux planétaires soulevés par l’urgence de la crise écologique globale. Des axes de travail transversaux contribuent à la prise en compte de tous les acteurs façonnant notre environnement.
Cinq thèmes de recherche
Les projets de recherche
PIPAF
L’étude des dynamiques forestières passées via des approches rétrospectives de paléoécologie ou d’écologie historique offre un recul historique nécessaire pour considérer la vulnérabilité et la résilience des forêts, car elles documentent l’état des forêts avant et après une perturbation.
Dans le cadre du projet PIPAF, il sera procédé à la recherche de pullulations du Bostryche typographe (Ips typographus) à travers l'examen de documents d'archives ainsi qu'une approche paléoécologique, incluant l'analyse de macro-restes et d'ADN ancien.
PARADE
Les phages sont des virus qui tuent spécifiquement les bactéries. Ils jouent un rôle crucial dans le contrôle des populations bactériennes dans les écosystèmes. Par un phénomène de coévolution, les bactéries ont développé une grande diversité de défenses anti-phages. Nous émettons l'hypothèse que le succès de certains clones épidémiques qui sont répandus à l'échelle mondiale doivent leur succès, au moins en partie, à leur plus grande résistance aux phages.
ODEON
Les sécheresses et vagues de chaleur fragilisent les forêts françaises, surtout en Bourgogne-Franche-Comté, où les scolytes ravagent épicéas et sapins. Pour mieux gérer ces risques liés au climat, il faut identifier rapidement ces insectes. Le projet ODEON développe des outils d’analyse innovants basés sur l’intelligence artificielle afin d’améliorer le suivi de la biodiversité et la gestion forestière.
RAMA
Les cancers solides sont traités avec médicaments qui attaquent l'ADN des cellules cancéreuses et des bactéries du microbiote digestif. Avec le projet RAMA, nous souhaitons tester si les médicaments anticancéreux favorisent le développement de bactéries résistantes aux antibiotiques en utilisant différents modèles : chez des patients traités par des cytotoxiques, dans un modèle in vitro de microbiote digestif et un modèle murin de microbiote humanisé.
MEHTA
Avec le changement climatique, une gestion raisonnée des ressources en eau devient cruciale pour l’irrigation. L’usage des eaux usées traitées s’impose en agriculture, mais les effets de l'ingestion de légumes irrigués par ces eaux sur le microbiote intestinal et la résistance aux antibiotiques restent inconnus. Pour y remédier, l’ANR/INSERM finance le projet MEHTA dans le cadre de France 2030, un programme de recherche prioritaire sur la résistance aux antibiotiques.
SPACEMOD
À l’heure actuelle il n’existe plus en France, voire plus largement, de logiciel générique d’évaluation du risque sur les écosystèmes (ERE) pour les sites et sols pollués (SSP). Le projet SPACEMOD vise à développer un outil spatialement explicite de modélisation des transferts et des impacts des mélanges de contaminants chimiques dans les réseaux trophiques terrestres destiné à l’ERE et la réhabilitation des SSP (et plus généralement de tout type de site contaminé par des substances chimiques).
COMICS
Le projet COMICS vise donc à comprendre comment la co-exposition à des contaminants, pesticides et métaux, influencent l’état de santé et le microbiote digestif chez la faune sauvage en étudiant des petits mammifères en milieu naturel. Cette étude est basée sur une approche interdisciplinaire réunissant des partenaires spécialisés dans les domaines de l’écologie et l’écotoxicologie, la chimie analytique et la chimie environnementale, la biologie moléculaire, la génomique et la microbiologie.
PCR Chalain-Clairvaux
Les investigations pédologiques conduites en périphérie du lac de Chalain mettent en évidence des traces agraires dans la zone littorale du lac. Des sondages ont permis d’identifier des indices de mise en valeur agricole. Les analyses (micromorphologiques, minéralogiques, matière organique, micro-restes paléobotaniques…) permettent d’interpréter ces structures comme des résidus de foyers d’écobuage. Cette pratique agraire modifiait les sols argilo-humiques et augmentait les rendements agricoles.
WETLANDS
Le projet vise à analyser les processus écologiques à l’œuvre dans le fonctionnement des zones humides des cours d’eau franc-comtois. Il prend en compte les contextes géologique, hydrologique, hydrogéologique et physico-chimique de ces milieux, ainsi que les altérations, passées et actuelles, induites par les activités humaines. L’objectif est de proposer des mesures de gestion et de restauration durables et adaptées à chaque situation écologique.
RETROPEST
Le projet ANR RETROPEST vise à mieux comprendre les interactions entre différents régimes de perturbations (feux et épidémies d'insectes), leur réponse au changement climatique et leurs impacts sur le devenir de la forêt boréale au Québec. L'originalité du projet réside dans : (1) l'approche multi-perturbations, (2) le développement d'un nouveau proxies pour les épidémies d'insectes via l'ADN, sédimentaire, et (3) la combinaison dans un même projet des données paléoécologiques et de modèles dynamiques
Trois groupes de travail
E.A.U.
Évaluer l’impact du changement climatique et des activités humaines sur les écosystèmes aquatiques et la gestion des ressources en eau.
Observatoires eLTER Jura
Suivi à long terme et labellisation des sites observatoires du massif du Jura.
Pôles
Vulnérabilité, résilience et capacités d’adaptation au changements globaux dans les hautes latitudes.