Antimicrobiens
Plateforme technologique d’étude des Environnements Anciens et Actuels (PEA²t)
Analyse de la résistance aux antimicrobiens et des structures de populations des pathogènes bactériens et fongiques
Type d’échantillons : Bactéries Champignons
Des isolats de microorganismes bactériens et fongiques issus de prélèvements cliniques ou environnementaux sont caractérisés au niveau phénotypique et génotypique.
- Culture et caractérisation phénotypique (résistance, virulence) de bactéries ou champignons pathogènes.
- Construction de mutants pour l’inactivation ou la sur-expression de gènes étudiés
- Analyse quantitative d’expression génique
- Reconstruction du génome à partir de données de séquençage haut-débit
- Génotypage et analyse des liens épidémiologiques
Boîte de pétri ©Freepik
Domaines d’expertise
Isolation et caractérisation de l’ADN environnemental
Mise en œuvre de techniques de biologie moléculaire telles que la PCR quantitative, ou la métagénomique pour l’analyse de l’ADN issu d’échantillons environnementaux.
Exemples d’application
- Détermination du mécanisme de résistance de souches isolées chez des patients
- Reconstruction de l’évolution phylogénétique et phénotypique de clone épidémique
Pourquoi huiles essentielles et antibiotiques ne font pas toujours bon ménage
Inhalées, ingérées, appliquées sur la peau… Les huiles essentielles agrémentent le quotidien de nombreuses personnes. Pourtant, ces substances ne sont pas anodines. Des travaux récents démontrent notamment que certaines d’entre elles peuvent interférer avec l’usage des antibiotiques.
Antifongiques, antibiotiques : des mécanismes de résistance identiques
Les mycoses résistantes aux médicaments antifongiques se multiplient. Notamment parce que les traitements contre les champignons pathogènes sont utilisés aussi bien en agriculture qu’en santé humaine et animale. Aspergillus fumigatus peut par exemple provoquer des...
Comment des bulbes de fleurs traités rendent résistantes des moisissures dangereuses pour la santé
Quel est le rapport entre les bulbes de tulipe et l’aspergillose, une grave maladie due à un champignon microscopique, la moisissure Aspergillus fumigatus ?
GAP-AFR (JPI-AMR)
Les médicaments antifongiques azolés utilisés pour traiter les infections à Aspergillus fumigatus (pathogène fongique défini comme prioritaire par l’OMS) sont de moins en moins efficaces du fait de l’utilisation de molécules similaires pour la protection des cultures et des matériaux. Le projet vise à cartographier à l'échelle mondiale le pourcentage d’Aspergillus fumigatus résistants aux azolés, dont la croissance peut persister malgré le traitement antifongique.
Principaux équipements sollicités
Centre de calcul
MesoBFC
Séquenceur long-read
Personnels impliqués
Membres du laboratoire :
Audrey Cardot Laboissiere, Technicienne – CNRS, PATHOGENES, PEA²t, Service qualité, SERVICESaudrey.laboissiere@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau R217 (HdC), et bureau -211M (La Bouloie)
Didier Hocquet, Professeur – UMLP, PATHOGENESdhocquet@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 21 34, bureau R212 (HdC)
Katy Jeannot, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UMLP, CHU Besançon, PATHOGENESkaty.jeannot@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau R213 (HdC)
Catherine Llanes, Professeure – UMLP, PATHOGENES, Service communicationchrono-env.direction@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 76, bureau R222 (HdC)
Benoit Valot, Ingénieur de Recherche, PATHOGENES, PEA²t, Service qualitébenoit.valot@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau R217 (HdC)