Thème Agents Pathogènes
Histoire, diffusion, résistance et génomique
Les objectifs communs de ce thème sont de comprendre et d’identifier les facteurs favorisant l’émergence, la sélection et la diffusion des agents pathogènes. Les modifications de l’environnement, les interactions entre l’homme et l’animal, les contaminations par les agents sélecteurs de mutations et les transferts génétiques modifient ainsi l’histoire évolutive de ces pathogènes, à l’échelle de la population humaine, de la communauté microbienne (microbiotes) et de la cellule d’agent pathogène (single cell). La particularité de ce thème est d’avoir une approche intégrée, allant des observations (cliniques ou sur le terrain) et des caractérisations phénotypiques des agents pathogènes, jusqu’au décryptage des mécanismes moléculaires physiopathologiques à l’aide d’outils ‘omics’.
Coordinateurs du thème PATHOGENES :
Didier Hocquet, Professeur, PATHOGENESdhocquet@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 21 34, bureau R212 (HdC)
Anaïs Potron, Maîtresse de Conférences, PATHOGENESanais.potron@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 21 68, bureau R214 (HdC)
Nos axes de recherche
Ces axes organisent la recherche “du terrain et de la clinique à la biologie moléculaire” sur des espèces microbiennes appartenant à tous les grands groupes d’AP (bactéries, parasites, levures, champignons, acariens et virus).
Diffusion des agents pathogènes humains
La diffusion des agents pathogènes (AP) est étudiée à partir de collections de micro-organismes isolés de prélèvements d’origine humaine, mais également environnementale (professionnel, domestique, hospitalier) et animale (élevage et faune sauvage).
Résistance aux agents antimicrobiens (RAM)
La lutte contre la résistance aux agents antimicrobiens est un défi majeur de santé publique et s’appuie sur l’étude de la prévalence et sur l’identification des déterminants géniques de résistance aux agents antibactériens et antifongiques.
Interaction hôte-pathogène
L’étude de la relation hôte-pathogène s’appuie sur une approche immunologique qui permet de quantifier l’exposition aux AP dans divers environnements par la mesure des anticorps produits (IgE pour les réponses allergiques immédiates et IgG pour les réponses infectieuses et immuno-allergiques).
Nos projets en cours
ALGER
Ce projet a pour but de valider l’utilisation de biomarqueurs, développés pour la prédiction de récidive des patients traités chirurgicalement de l’échinococcose kystique, et de génotyper les souches d’Echinococcus granulosus par la méthode NGS développée sur le génome mitochondrial du parasite.
FLAMME
Le microbiote buccal est composé de 700 espèces de bactéries qui transforment les substances aromatiques. La composition de microbiote étant spécifique à son hôte, les mécanismes derrière le métabolisme microbien des substances aromatiques restent peu connus. FLAMME est un projet qui vise à comprendre le rôle du microbiote buccal dans la perception du goût des aliments en comparant le microbiote de participants ayant différents profils de perception du goût.
GAP-AFR (JPI-AMR)
Les médicaments antifongiques azolés utilisés pour traiter les infections à Aspergillus fumigatus (pathogène fongique défini comme prioritaire par l’OMS) sont de moins en moins efficaces du fait de l’utilisation de molécules similaires pour la protection des cultures et des matériaux. Le projet vise à cartographier à l'échelle mondiale le pourcentage d’Aspergillus fumigatus résistants aux azolés, dont la croissance peut persister malgré le traitement antifongique.
Qui sommes-nous?
Coordinateurs⋅trices
- Didier Hocquet, Professeur, PATHOGENESdhocquet@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 21 34, bureau R212 (HdC)
- Anaïs Potron, Maîtresse de Conférences, PATHOGENESanais.potron@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 21 68, bureau R214 (HdC)
Membres
Coralie Barrera, Ingénieure de Recherche, PATHOGENEScoralie.barrera@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 34, bureau R28 (HdC)
Rana Bazzi, Maîtresse de Conférences – Université de Franche-Comté, PATHOGENES, POLLUTIONrana.bazzi@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 66 62 94, bureau 308K (La Bouloie)
Anne-Pauline Bellanger, Maître de conférences des universités - praticien hospitalier (MCU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENESanne-pauline.bellanger@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau CHU Besançon
Xavier Bertrand, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENESxbertrand@-Code to remove to avoid SPAM-chu-besancon.fr, xbertran@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 21 36, bureau R+3 A8.1 (CHU)
Louis Bohard, Doctorant, PATHOGENESlouis.bohard@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 21 91 83, bureau CHU Besançon
Kévin Bouiller, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENESkevin.bouiller@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 21 91 87, bureau CHU Besançon
Bruno Cardey, Maître de Conférences – Université de Franche-Comté, PATHOGENES, POLLUTIONbruno.cardey@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 66 65 05, bureau 304K (La Bouloie)
Audrey Cardot Laboissiere, Technicienne – CNRS, PATHOGENES, PEA²t, Service qualité, SERVICESaudrey.laboissiere@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau R217 (HdC), et bureau -211M (La Bouloie)- Catherine Chirouze, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENEScatherine.chirouze@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau CHU Besançon
Nolwen Di Domizio, Doctorante, PATHOGENESnolwen.di_domizio@-Code to remove to avoid SPAM-edu.univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 15 , bureau R134 (HdC)
Patrick Giraudoux, Professeur Émérite – Université de Franche-Comté, DYNABIO, PATHOGENESpatrick.giraudoux@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau -110M (La Bouloie)- Frédéric Grenouillet, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENESfrederic.grenouillet@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau CHU Besançon
Mathieu Guillaume, Technicien – CHU Besançon, PATHOGENESm8guillaume@-Code to remove to avoid SPAM-chu-besancon.fr, +33 (0)3 63 08 22 33, bureau R37 (HdC)
Audrey Guitton, Technicienne, PATHOGENES, PEA²t, Service qualitéaudrey.guitton@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 36, bureau R29 (HdC)
Laura Henckel, Postdoctorante, DYNABIO, PATHOGENES, POLLUTION, SOPASTlaura.henckel@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 66 65 63, bureau -114M (La Bouloie)
Katy Jeannot, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENESkaty.jeannot@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau R213 (HdC)
Clémence Kavira, Doctorante, PATHOGENESclemence.kavira@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau -109M (La Bouloie)
Jenny Knapp, Ingénieure de Recherche – CHU Besançon, PATHOGENESjknapp@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 21 06, bureau R+3.B1.2 (CHU) / R251 (HdC)
- Quentin Lepiller, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENESquentin.lepiller@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau CHU Besançon
Catherine Llanes, Professeure – Université de Franche-Comté, PATHOGENES, Service communicationchrono-env.direction@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 76, bureau R222 (HdC)- Libor Makovicka, Professeur Émérite – Université de Franche-Comté, PATHOGENESlibor.makovicka@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 99 46 74, bureau Montbéliard
Mathilde Massard, Attaché temporaire d’enseignement et de recherche – UFC, PATHOGENESmathilde.massard@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau R227 (HdC)
Laurence Millon, Professeure, PATHOGENESlmillon@-Code to remove to avoid SPAM-chu-besancon.fr, +33 (0)3 70 63 23 53, bureau CHU Besançon
Antoine Perasso, Professeur – Université de Franche-Comté, DYNABIO, GEODE, PATHOGENES, POLLUTIONantoine.perasso@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau -110L (La Bouloie)
Jean-Luc Prétet, Professeur des universités - praticien hospitalier (PU-PH) – UFC, CHU Besançon, PATHOGENESjean_luc.pretet@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 70 63 20 51, bureau HdC
Francis Raoul, Professeur – Université de Franche-Comté, DYNABIO, PATHOGENES, POLLUTIONfrancis.raoul@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 66 57 36, bureau -114L (La Bouloie)- Dominique Rieffel, Technicien, PATHOGENES, POLLUTIONdominique.rieffel@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 66 63 52, bureau -104L (La Bouloie)
Steffi Rocchi, Chercheuse associée, PATHOGENES, POLLUTIONsteffi.rocchi@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 39, bureau R210 (HdC)
Julie Rousselot, Doctorante, CHU Besançon, PATHOGENESjulie.rousselot@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 33, bureau R27 (HdC)
Stéphane Roux, Professeur – Université de Franche-Comté, PATHOGENES, POLLUTIONstephane.roux@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 66 62 99, bureau 308K (La Bouloie)
Adeline Rouzet-San, Ingénieure de Recherche – CHU Besançon (Parasitologie-Mycologie), PATHOGENESadeline.rouzet@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 34, bureau R28 (HdC)
Lison Schmidlin, Adjointe Technique de Recherche et de Formation (ITRF) – UFR Santé, PATHOGENESlison.schmidlin@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 63 08 22 36, bureau R29 (HdC)
Hugo Sentenac, Maître de Conférences – IUT Besançon-Vesoul, DYNABIO, PATHOGENES, POLLUTIONhugo.sentenac@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, bureau -105M (La Bouloie)
Freddy Torrealba Anzola, Ingénieur de Recherche – Université de Franche-Comté, PATHOGENES, PEA²tfreddy.torrealba_anzola@-Code to remove to avoid SPAM-univ-fcomte.fr, +33 (0)3 81 66 65 17, bureau 309K (La Bouloie)
Laboratoire Chrono-environnement
UMR 6249
Université Marie et Louis Pasteur
16, Route de Gray
25030 Besançon cedex
Téléphone : +33 (0)3 81 66 62 55
Télécopie : +33 (0)3 81 66 65 68
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