Projets

Chrono-environnement

Les projets de recherche

DYNABIOGT E.A.U.POLLUTIONEutrophisationMunitionsPollutionProjet en cours Santé Vosges

MUSLI

Face aux défis actuels liés à la pollution et au changement climatique, le projet MUSLI développe une approche pluridisciplinaire visant à mieux comprendre les mécanismes de dégradation des lacs. Original par le croisement de l’écologie, de la chimie et de l’histoire environnementale, ce projet de recherche étudie à la fois les impacts des anciennes munitions immergées et ceux de l’eutrophisation sur les écosystèmes lacustres. Grâce à des méthodes innovantes et à une vision intégrée des enjeux environnementaux, le projet contribuera à protéger durablement les milieux aquatiques.

SOPASTÂge du BronzeAnalyse spatialeDépôts métalliquesJura occidentalProjet en coursSites fortifiés

PCR Dépôts de la région salinoise

Ce programme étudie les dépôts métalliques de l’âge du Bronze autour des sites fortifiés des environs de Salins-les-Bains, pour documenter leurs modalités d’enfouissement et leur rôle dans l’organisation du territoire. Associant prospections ciblées, analyses spatiales et technologies 3D, il offre une compréhension inédite des logiques d’implantation et des pratiques rituelles dans un paysage de moyenne montagne.

DYNABIOObservatoiresConnectivitésDéperissement ForêtProjet en coursScolytes

FOR’EST ADN

Ce projet cherche à comprendre le rôle du paysage dans la diffusion des scolytes dans le massif jurassien. Il regroupe des compétences et des champs thématiques variés en écologie, en géographie, en gestion et analyse de données environnementales complexes. Le projet s’inscrit dans l’Observatoire des forêts comtoises, s’appuyant sur l’expertise des chercheurs et des partenaires territoriaux en vue d’apporter des réponses concrètes aux gestionnaires des forêts face au dépérissement actuel.

DYNABIOObservatoires SOPASTADN ancien ForêtHolocène PIPAFProjet en coursScolytes

PIPAF

L’étude des dynamiques forestières passées via des approches rétrospectives de paléoécologie ou d’écologie historique offre un recul historique nécessaire pour considérer la vulnérabilité et la résilience des forêts, car elles documentent l’état des forêts avant et après une perturbation.
Dans le cadre du projet PIPAF, il sera procédé à la recherche de pullulations du Bostryche typographe (Ips typographus) à travers l’examen de documents d’archives ainsi qu’une approche paléoécologique, incluant l’analyse de macro-restes et d’ADN ancien.

PATHOGENESBactériophageProjet en coursPseudomonas aeruginosaRésistance ST235Système APS

PARADE

Les phages sont des virus qui tuent spécifiquement les bactéries. Ils jouent un rôle crucial dans le contrôle des populations bactériennes dans les écosystèmes. Par un phénomène de coévolution, les bactéries ont développé une grande diversité de défenses anti-phages. Nous émettons l’hypothèse que le succès de certains clones épidémiques qui sont répandus à l’échelle mondiale doivent leur succès, au moins en partie, à leur plus grande résistance aux phages.

DYNABIOObservatoiresClassification ForêtIntelligence artificielleProjet en coursRéseau de neuronesScolytes

ODEON

Les sécheresses et vagues de chaleur fragilisent les forêts françaises, surtout en Bourgogne-Franche-Comté, où les scolytes ravagent épicéas et sapins. Pour mieux gérer ces risques liés au climat, il faut identifier rapidement ces insectes. Le projet ODEON développe des outils d’analyse innovants basés sur l’intelligence artificielle afin d’améliorer le suivi de la biodiversité et la gestion forestière.

PATHOGENESAntibiotiquesAnticancéreuxMicrobiote digestifProjet en coursRéponse SOSRésistance

RAMA

Les cancers solides sont traités avec médicaments qui attaquent l’ADN des cellules cancéreuses et des bactéries du microbiote digestif. Avec le projet RAMA, nous souhaitons tester si les médicaments anticancéreux favorisent le développement de bactéries résistantes aux antibiotiques en utilisant différents modèles : chez des patients traités par des cytotoxiques, dans un modèle in vitro de microbiote digestif et un modèle murin de microbiote humanisé.

PATHOGENESBactéries multirésistantesMicrobiote intestinal humainModèle in vitro / ex vivo du microbiote intestinalProjet en coursRésistance aux antibiotiquesRéutilisation des eaux usées (Reuse)

MEHTA

Avec le changement climatique, une gestion raisonnée des ressources en eau devient cruciale pour l’irrigation. L’usage des eaux usées traitées s’impose en agriculture, mais les effets de l’ingestion de légumes irrigués par ces eaux sur le microbiote intestinal et la résistance aux antibiotiques restent inconnus. Pour y remédier, l’ANR/INSERM finance le projet MEHTA dans le cadre de France 2030, un programme de recherche prioritaire sur la résistance aux antibiotiques.

SOPASTÂge du BronzeAnalyse spatialeDépôts métalliquesJura occidentalProjet en coursSites fortifiés
PCR Dépôts de la région salinoise

PCR Dépôts de la région salinoise

Ce programme étudie les dépôts métalliques de l’âge du Bronze autour des sites fortifiés des environs de Salins-les-Bains, pour documenter leurs modalités d’enfouissement et leur rôle dans l’organisation du territoire. Associant prospections ciblées, analyses spatiales et technologies 3D, il offre une compréhension inédite des logiques d’implantation et des pratiques rituelles dans un paysage de moyenne montagne.

DYNABIOObservatoires SOPASTADN ancien ForêtHolocène PIPAFProjet en coursScolytes
PIPAF

PIPAF

L’étude des dynamiques forestières passées via des approches rétrospectives de paléoécologie ou d’écologie historique offre un recul historique nécessaire pour considérer la vulnérabilité et la résilience des forêts, car elles documentent l’état des forêts avant et après une perturbation.
Dans le cadre du projet PIPAF, il sera procédé à la recherche de pullulations du Bostryche typographe (Ips typographus) à travers l’examen de documents d’archives ainsi qu’une approche paléoécologique, incluant l’analyse de macro-restes et d’ADN ancien.

SOPASTBio-archéologieProjet en cours
squelette
PPG-3

PPG-3

Le projet PPG-3 (Paléoparasitologie et Paléogénétique – Phase 3) porte sur la détection de l’ADN ancien (ADNa) de parasites unicellulaires du genre Cryptosporidium, qui infestent le système digestif d’une grande variété d’hôtes animaux, dont l’espèce humaine.

PATHOGENESAntibiotiquesAnticancéreuxMicrobiote digestifProjet en coursRéponse SOSRésistance
RAMA

RAMA

Les cancers solides sont traités avec médicaments qui attaquent l’ADN des cellules cancéreuses et des bactéries du microbiote digestif. Avec le projet RAMA, nous souhaitons tester si les médicaments anticancéreux favorisent le développement de bactéries résistantes aux antibiotiques en utilisant différents modèles : chez des patients traités par des cytotoxiques, dans un modèle in vitro de microbiote digestif et un modèle murin de microbiote humanisé.

DYNABIOChangement climatiqueÉcologie Feux ForêtInsectesPerturbationsProjet en cours
RETROPEST

RETROPEST

Le projet ANR RETROPEST vise à mieux comprendre les interactions entre différents régimes de perturbations (feux et épidémies d’insectes), leur réponse au changement climatique et leurs impacts sur le devenir de la forêt boréale au Québec. L’originalité du projet réside dans : (1) l’approche multi-perturbations, (2) le développement d’un nouveau proxies pour les épidémies d’insectes via l’ADN, sédimentaire, et (3) la combinaison dans un même projet des données paléoécologiques et de modèles dynamiques

SOPASTProjet en cours
SAHYLOR

SAHYLOR

Ce projet pluridisciplinaire a pour objectif l’étude de la centaine de latrines de rez-de-chaussée de la ville d’Ostie, une des principales villes de l’empire romain, port et reflet de Rome, ainsi que des 200 descentes d’étage considérées comme des évacuations de lieux d’aisance.

POLLUTIONProjet en cours
SIRAM

SIRAM

SIRAM fournira une intégration et une mise en œuvre complètes de solutions durables pour l’agriculture régénérative dans différentes régions méditerranéennes, en abordant en même temps les questions de faibles revenus au niveau des petites exploitations.

POLLUTIONBiosurveillanceMicromammifèresMulti-expositionsProjet en coursRéseaux trophiquesScénariosSimulations
SPACEMOD

SPACEMOD

À l’heure actuelle il n’existe plus en France, voire plus largement, de logiciel générique d’évaluation du risque sur les écosystèmes (ERE) pour les sites et sols pollués (SSP). Le projet SPACEMOD vise à développer un outil spatialement explicite de modélisation des transferts et des impacts des mélanges de contaminants chimiques dans les réseaux trophiques terrestres destiné à l’ERE et la réhabilitation des SSP (et plus généralement de tout type de site contaminé par des substances chimiques).

Observatoires SOPAST ChimieÉcologie fonctionnelleGrands cours d'eauProjet en coursVégétationZones humides
WETLANDS

WETLANDS

Le projet vise à analyser les processus écologiques à l’œuvre dans le fonctionnement des zones humides des cours d’eau franc-comtois. Il prend en compte les contextes géologique, hydrologique, hydrogéologique et physico-chimique de ces milieux, ainsi que les altérations, passées et actuelles, induites par les activités humaines. L’objectif est de proposer des mesures de gestion et de restauration durables et adaptées à chaque situation écologique.